由于内部编译器错误，无法在 Ubuntu 20.04 中安装某些 R 包：分段错误

Question

我最近在 Ubuntu 20.04.2 LTS 上安装了 R 版本 4.0.5 (2021-03-31)。 R 按预期工作。

但是，虽然某些软件包已安装没有问题（例如，R.matlab），但仍有几个软件包无法安装。例如，运行install.packages("data.table") 会引发以下错误：

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
gcc -std=gnu99 9.3.0
zlib 1.2.11 is available ok
R CMD SHLIB supports OpenMP without any extra hint
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp  -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-tRgc13/r-base-4.0.5=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assign.c -o assign.o
during GIMPLE pass: ccp
assign.c: In function ‘memrecycle’:
assign.c:1205:1: internal compiler error: Segmentation fault
 1205 | }
      | ^
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <file:///usr/share/doc/gcc-9/README.Bugs> for instructions.
make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:172: assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’

我在其他软件包安装尝试中遇到了类似的错误（即“内部编译器错误”），但输出略有不同。例如，install.packages("xfun") 抛出以下错误，为简洁起见被截断：

gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-tRgc13/r-base-4.0.5=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c base64.c -o base64.o
during GIMPLE pass: ccp
base64.c: In function ‘base64_decode_impl’:
base64.c:237:1: internal compiler error: Segmentation fault
  237 | }
      | ^

我尝试重新安装 gcc-9，但没有帮助。我发现Sys.getenv("PATH") 中的 PATH 指向我系统上的 miniconda3 安装，因此将其更新为 /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/rstudio/bin/postback，这也没有帮助。

我的目标是在不引发这些编译器错误的情况下安装上述软件包。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

如果其他人将来也遇到此问题，我将发布 https://answers.launchpad.net/ubuntu 向我建议的解决方案。这是我发布的问题的链接：https://answers.launchpad.net/ubuntu/+question/696623。

问题原来是 R 使用 gcc-9 而不是 gcc-10 来编译包。旧版本的 gcc 抛出错误。以下是我为解决问题所采取的步骤：

1. 安装 gcc-10，它在我的系统上不可用：sudo apt install gcc-10。
2. /usr/lib/R/etc/Makeconf 文件中的 Edit the CC= pointer 到 gcc-10：打开终端，输入 sudo nano /usr/lib/R/etc/Makeconf 并将当前的 CC= 替换为 CC=gcc-10。保存文件。
3. 重新启动 R 并为那些未正确编译的软件包运行 install.packages() 命令。

编辑：请参阅下面的 cmets 进行讨论。上述步骤可解决问题，但不推荐。该问题与在 R 中使用调用 install.packages() 时 R 未使用系统包管理器安装包有关。

安装包bspm 为我解决了这个问题。这个包及其实用程序在here 讨论，供那些好奇的人使用。

要在 R 中使用 install.packages()，bspm 可以通过两种方式使用：

1. bspm::enable() 在 R 中，然后是 install.packages()
2. 如其文档中所述：要在默认情况下启用bspm 系统范围，请在Rprofile.site 文件中包含以下内容：suppressMessages(bspm::enable())。

非常感谢 Dirk 的指导。