安装 RDKit答案

【问题标题】：Installing RDKit安装 RDKit
【发布时间】：2018-01-25 01:51:33
【问题描述】：

我在我的 Debian v-9.1.0 64 位 Linux 平台上的当前版本的 Miniconda3 中安装了 Spyder3.2.1。 Spyder 运行良好，但我在安装 RDKit 时遇到了困难。

我按照RDKit_Docs_current.pdf中的指示：

如何使用 Conda 安装 RDKit

使用安装的RDKit 创建一个新的 conda 环境软件包需要一个类似于以下的命令：

$ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

最后，必须激活新环境，以便相应的 python 解释器在同一个 shell 中可用：

$ source activate my-rdkit-env

安装过程中没有警告或错误消息，但是当我尝试运行一个简单的 Python 脚本时：

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Tue Aug 15 11:41:24 2017

@author: comp
"""

from __future__ import print_function
from rdkit import Chem

m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
m

我明白了：

IPython 6.1.0 -- An enhanced Interactive Python.

runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py', 
wdir='/home/comp/Apps/Python')
Traceback (most recent call last):

File "<ipython-input-1-3842c59475d8>", line 1, in <module>
runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py', 
wdir='/home/comp/Apps/Python')

File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 688, in runfile
execfile(filename, namespace)

File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 101, in execfile
exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)

File "/home/comp/Apps/Python/untitled0.py", line 10, in <module>
from rdkit import Chem

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

RDKit 安装在~/miniconda3/envs/mr-rdkit-env

很遗憾，我不知道问题可能是什么，我们将不胜感激。

提前致谢。

【问题讨论】：

标签： python-3.x rdkit

【解决方案1】：

如果您使用 PyCharm，请尝试在 File > Settings > Project Interpreter > + 中安装 RDKit 包，然后搜索 RDkit 以安装和使用安装了 RDKit 的 Python 解释器，或者您可以在 Python 解释器上引用您的 ~/miniconda3/envs/mr-rdkit-env/python.exe

【讨论】：

【解决方案2】：

将你当前的python版本切换到python2.7，你可以创建一个环境：conda create -n my_env_name python=2.7

【讨论】：

你能解释一下原因吗？