【问题标题】:rename fastq file headers using sed command使用 sed 命令重命名 fastq 文件头
【发布时间】:2021-06-04 16:32:02
【问题描述】:

我正在尝试重命名 fastq 标头并使用 sed 命令在 fastq 标头的末尾添加“/1”。 这是我的代码:

sed i '1~4 s/$/\\1/g' seq/*_1.fq

但没有进行任何更改。有人知道如何解决这个问题吗?谢谢!

【问题讨论】:

  • 请在您的问题中添加示例输入(无描述、无图像、无链接)以及该示例输入所需的输出(无评论)。
  • @Christina - 如果系统允许,请“点赞”并“接受”Allan Wind 的回复。

标签: sed fastq


【解决方案1】:

这会将 /1 添加到第 n * 4 + 1 行,其中 n >= 0 用于匹配 glob seq/*_1.fq 的文件:

sed -i '1~4s/$/\/1/' seq/*_1.fq

您没有提供任何输入,这是我使用的:

a
b
c
d
e
f

结果是:

a/1
b
c
d
e/1
f

【讨论】:

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