【发布时间】:2019-06-16 07:53:11
【问题描述】:
我使用 google colaboratory 和 ipynb (Python 3.6.7),每次我运行脚本并导入一个模块 Scanpy python toolkit 它说我没有它所以我必须重新安装它,这需要几分钟。
这里有一个类似的问题:
How to prevent 'pip install …' running every time I run the whole notebook?
那里的答案并不令人满意,因为每次我运行脚本时都会安装 scanpy,这需要几分钟,这是不受欢迎的。
我安装scanpy的方式是:
!pip3 install scanpy[louvain]
如果我再次运行脚本并尝试通过执行以下操作导入 scanpy:
import scanpy as sc
我收到以下错误消息:
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ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-6-c75a4ac677d6> in <module>()
1 import numpy as np
2 import pandas as pd
----> 1 import scanpy as sc
4
5 sc.settings.verbosity = 3 # verbosity: errors(0), warnings(1), info(2), hints(3)
ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy'
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NOTE: If your import is failing due to a missing package, you can
manually install dependencies using either !pip or !apt.
To view examples of installing some common dependencies, click the
"Open Examples" button below.
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所以我必须重新安装它,这很耗时而且不应该发生,因为其他已经安装的包(例如pandas、numpy等)没有出现这个问题。
我的问题是:
如何永久安装 scanpy?
我应该可以随时导入scanpy,而无需再次安装,然后再一次...
【问题讨论】:
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你能分享一个显示你正在使用的安装命令的笔记本吗?
pip install scanpy在 Colab 中对我来说大约需要 5 秒。 -
我正在使用的安装命令在问题中,但这里又是:
!pip install scanpy[louvain] -
安装耗时 6 分钟。 @BobSmith 这是笔记本:colab.research.google.com/drive/…
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请分享笔记本。它现在似乎是私人的。
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@BobSmith 这里是:colab.research.google.com/drive/…
标签: python-3.6 google-colaboratory