【问题标题】:Why is python asking me to install a package every time I re-run the ipynb notebook?为什么每次我重新运行 ipynb 笔记本时,python 都会要求我安装一个包?
【发布时间】:2019-06-16 07:53:11
【问题描述】:

我使用 google colaboratory 和 ipynb (Python 3.6.7),每次我运行脚本并导入一个模块 Scanpy python toolkit 它说我没有它所以我必须重新安装它,这需要几分钟。

这里有一个类似的问题:

How to prevent 'pip install …' running every time I run the whole notebook?

那里的答案并不令人满意,因为每次我运行脚本时都会安装 scanpy,这需要几分钟,这是不受欢迎的。

我安装scanpy的方式是:

!pip3 install scanpy[louvain]

如果我再次运行脚本并尝试通过执行以下操作导入 scanpy:

import scanpy as sc

我收到以下错误消息:

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-6-c75a4ac677d6> in <module>()
      1 import numpy as np
      2 import pandas as pd
----> 1 import scanpy as sc
      4 
      5 sc.settings.verbosity = 3 # verbosity: errors(0), warnings(1), info(2), hints(3)

ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy'

---------------------------------------------------------------------------
NOTE: If your import is failing due to a missing package, you can
manually install dependencies using either !pip or !apt.

To view examples of installing some common dependencies, click the
"Open Examples" button below.
---------------------------------------------------------------------------

所以我必须重新安装它,这很耗时而且不应该发生,因为其他已经安装的包(例如pandas、numpy等)没有出现这个问题。

我的问题是:

如何永久安装 scanpy?

我应该可以随时导入scanpy,而无需再次安装,然后再一次...

【问题讨论】:

  • 你能分享一个显示你正在使用的安装命令的笔记本吗? pip install scanpy 在 Colab 中对我来说大约需要 5 秒。
  • 我正在使用的安装命令在问题中,但这里又是:!pip install scanpy[louvain]
  • 安装耗时 6 分钟。 @BobSmith 这是笔记本:colab.research.google.com/drive/…
  • 请分享笔记本。它现在似乎是私人的。
  • @BobSmith 这里是:colab.research.google.com/drive/…

标签: python-3.6 google-colaboratory


【解决方案1】:

根据这个3 Essential Google Colaboratory Tips & Tricks的第二点:

目前,Google Colaboratory 中的软件安装不是永久性的,因为每次(重新)连接到实例时都必须重新安装库。由于 Colab 默认安装了许多有用的通用库,因此这不是看起来那么严重的问题,并且安装那些未预安装的库可以通过几种不同的方式之一轻松添加。

这似乎是我每次都必须重新安装 scanpy 的原因,因为它不是 Colaboratory 的默认包。

【讨论】:

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