有没有办法将 lammp_file.data 转换为 Gromacs 文件（top 和 gro），如果没有，则转换为 CHARMM 文件（psf 和 pdb）？答案

【问题标题】：Is there any way to convert lammp_file.data to Gromacs files (top and gro), if not then to or to CHARMM files (psf and pdb)?有没有办法将 lammp_file.data 转换为 Gromacs 文件（top 和 gro），如果没有，则转换为 CHARMM 文件（psf 和 pdb）？
【发布时间】：2019-01-03 21:57:55
【问题描述】：

我有一个 lammps_file.data，我需要将其转换为 Gromacs 文件（gro 和 top）来运行我的模拟。有谁知道如何做到这一点？另一种选择是从 lammps 转换为 charmm 文件（psf 和 pdb）。一旦我得到了 charmm 文件，我就可以使用 Topotools 来获取我需要的 gromacs 文件。

谢谢

【问题讨论】：

标签： lammps

【解决方案1】：

确实，现在我自己也在尝试做同样的事情。到目前为止，您可以使用 intermol ，这应该可以很好地将 LAMMPS 数据文件转换为 Gromacs 文件。安装 intermol 并找到 intermol 转换器的路径后，您可以使用如下命令：

python2.7 $conv/convert.py --lmp_in topology.data --gromacs -v

检查你的数据文件的格式，我仍然无法转换它。

如果您想创建 psf 文件，你需要 VMD（google it），然后打开 tcl 终端并写：

topo readlammpsdata topology.data full
animate write psf topology.psf

第一行用于加载你的 LAMMPS 数据文件，如果你在文件夹中该文件位于第二次将数据转换为 psf CHARMM

另外，你可以试试this。在本文中，它们提供了一种转换工具 CHARMM 拓扑到 gromacs here。因此，您先转换为 psf，然后再转换为 gro top。

【讨论】：

感谢您的帮助！我使用了 InterMol，但出现此错误：intermol.exceptions.UnimplementedSetting: ['pair_style', 'none'] 尚未在 InterMol 中为 LAMMPS 实现。你收到过这条消息吗？
鉴于 intermol 由于“未实现”而失败，我最好的方法是转换为charmm 文件，然后使用 topo writegmxtop（在 VMD 中）获取 gmx 文件。感谢您获取 psf 文件的步骤（我不知道）。我只需要pdb文件就可以使用topotools，你认为openbabel是最好的选择吗？顺便说一句，我有汽车和 mdf 文件（来自 MSI），也许这可以帮助您为我提供更好的建议（为了获取 lammps 数据文件，我使用了 msi2lmp 脚本）。
我认为您没有从 intermol 原因中获得预期的回弹，您没有提供“正确的参数”，我的意思是“完全按照测试文件中提供的方式”。我遇到了同样的问题，不是我想转换文件，而是看到你的问题，我决定先回答。
谢谢。我来看看测试文件。他们处于测试阶段，所以我认为我的信息是可能的。为了获取 lammps 数据文件，我使用了 msi2lmp 脚本。我正在使用 interfaceff，他们已经有了 frc 文件，所以这对我来说非常简单。
不幸的是，我有胆量使用 MSI。我认为intermol。你确定 VMD 不能转换你的轨迹吗？看看它可以读取的文件ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/molfile