特定空间模式中的细胞集落存活映射

Question

我正在尝试在给定的细胞烧瓶扫描图像中对细胞存活情况进行空间映射。快速背景：细胞接受了通过网格传递的高剂量辐射（质子/X 射线），因此某些区域被辐射覆盖，而其他区域则没有。扫描这些细胞集落后，图像被输入到分割算法（我使用 Matlab 开发），提供每个检测到的活菌落的质心坐标 (c_i = (x_i,y_i))。

我已经对网格“条纹”进行了这种类型的评估，我在单个维度 (x) 上计算了一个带内的菌落，并测试了不同的带宽度 Δx（如下左图所示）。然而，我的问题是网格“洞”（见下右图）——在给定质心坐标的情况下，如何在二维（x 和 y）中对细胞集落存活率进行相同类型的评估？我必须径向“思考”吗？

提前感谢您对此问题的任何指导或帮助。

Answer 1

你的方向是对的。在左侧图像中，变化沿 x 轴，您正在使用新轴来表示电镀效率（y 轴）。

同样，对于网格 - 您将不得不引入一个新轴：z 轴。假设您的图像 I 为 500x500，每个网格单元为 50x50。因此，您将创建一个 10x10 网格 G，其中 G 的每个单元格都是 I 的一个 50x50 网格单元中的质心数。

由于可视化 3D 图表很困难，人们使用图像，其中 z 轴的值是图像中的强度或灰度图像的灰度值。确保在 [0,1] 或 [0,255] 范围内标准化 z 轴值，以便将图像用作可视化工具。