如何使用 skimage 完全填充图像的孔？答案

【问题标题】：How to completely fill holes to an image using the skimage?如何使用 skimage 完全填充图像的孔？
【发布时间】：2017-10-12 10:29:20
【问题描述】：

我正在使用 skimage 填充二进制输入图像（左侧）的孔。这是我的代码

from skimage import ndimage
img_fill_holes=ndimage.binary_fill_holes(binary).astype(int)

但是，上述代码的结果并不能完全填补二进制图像的漏洞。这意味着输出仍然是圆圈内的孔。我怎样才能完全填满圆圈内的所有洞？

【问题讨论】：

标签： python-2.7 image-processing scikit-image

【解决方案1】：

您可能尝试在 RGB 图像上应用 binary_fill_holes（3D 矩阵，请使用 binary.shape[2] == 3 进行检查）。

尝试：

img_fill_holes = ndimage.binary_fill_holes(binary[:,:,0]).astype(int)

或任何其他“rgb2gray”方法，您应该得到预期的输出

【讨论】：

我有一个数组是 (301, 512,512) ，我可以对我的数组执行类似的操作吗？
我刚试过这个，skimage 中似乎没有 ndimage 子包。我尝试导入skimage.ndimage，它说没有这样的包。但是我确实在 SciPy 中找到了它：docs.scipy.org/doc/scipy-0.16.0/reference/generated/… 并且输入和输出是相同的。
这只会切片 3d 数组的第一行，请解释如何处理整个 3d nparry

【解决方案2】：

如果您有 3D 数组，只需将 structure 更改为 3d 数组。

例如：

import SimpleITK as sitk
from scipy import ndimage
brain_mask_raw = sitk.ReadImage('/PATH/TO/brain_mask.nii.gz')
brain_mask_array = sitk.GetArrayFromImage(brain_mask_raw)
brain_mask_array_filled = ndimage.binary_fill_holes(brain_mask_array, structure=np.ones((3,3,3))).astype(int)
brain_mask_filled = sitk.GetImageFromArray(brain_mask_array_filled.astype(brain_mask_array.dtype)).CopyInformation(brain_mask_raw)
sitk.WriteImage(brain_mask_filled, '/RESULT/PATH/brain_mask_filled.nii.gz')

参考：scipy doc for binary fill holes

【讨论】：