【问题标题】：Can't Connect in R to MySQL Server through SSH无法通过 SSH 在 R 中连接到 MySQL 服务器
【发布时间】：2018-08-21 19:35:47
【问题描述】：

背景

我正在尝试从云 MySQL 服务器中提取数据。我刚刚将数据库从共享服务器移动到专用云服务器。在旧位置一切正常。新位置需要 SSH 隧道。

研究/信息：

我发现的所有相似之处都是this SO article。它并没有真正适用，因为我从未使用过 localhost。

我可以在 Sequel Pro 和 MySQL Workbench 中使用相同的凭据成功连接，但我无法让 R 脚本发挥作用。

我可以在命令行连接mysql。

我确实没有在本地安装了 mysql。（除非它与 High Sierra 一起提供；我不知道。无论如何，如果有本地 MySQL 实例，它就不会运行。）

代码：

以下是失败的原因：

con <- dbConnect(RMariaDB::MariaDB(),
                 user = 'soundings_app',
                 password = keyringr::decrypt_kc_pw("Soundings_app"),
                 host = '127.0.0.1',
                 port = 3306,
                 dbname='UFO')

我也尝试使用实际密码作为字符串，并得到了同样的错误。

错误信息

Error in connection_create(host, username, password, dbname, as.integer(port),  : 
  Failed to connect: Can't connect to MySQL server on '127.0.0.1' (57)

我唯一的猜测

我唯一能想到的是，SequelPro 和 Workbench 都有一个地方可以输入我的私钥 (~/.ssh) 的位置。

你能解释一下我做错了什么吗？

更新

我将主机添加到我的 ./ssh/config 文件中，如下所示：

Host XXX.XXX.130.0
  LocalForward 3306 localhost:3306

这导致我的其他连接失败，所以我删除了它。但是当我尝试连接 ~/.ssh/config 时，Sequel Pro 给了我以下信息：

Used command:  /usr/bin/ssh -v -N -S none -o ControlMaster=no -o ExitOnForwardFailure=yes -o ConnectTimeout=10 -o NumberOfPasswordPrompts=3 -i /Users/steves2018air/.ssh/id_rsa -o TCPKeepAlive=no -o ServerAliveInterval=60 -o ServerAliveCountMax=1 ubuntu@XXX.XXX.130.0 -L 49700:127.0.0.1:3306

OpenSSH_7.6p1, LibreSSL 2.6.2
debug1: Reading configuration data /Users/steves2018air/.ssh/config
debug1: /Users/steves2018air/.ssh/config line 1: Applying options for XXX.XXX.130.0
debug1: Reading configuration data /etc/ssh/ssh_config
debug1: /etc/ssh/ssh_config line 48: Applying options for *
debug1: Control socket " none" does not exist
debug1: Connecting to XXX.XXX.130.0 [XXX.XXX.130.0] port 22.
debug1: fd 3 clearing O_NONBLOCK
debug1: Connection established.
debug1: identity file /Users/steves2018air/.ssh/id_rsa type 0
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /Users/steves2018air/.ssh/id_rsa-cert type -1
debug1: Local version string SSH-2.0-OpenSSH_7.6
debug1: Remote protocol version 2.0, remote software version OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.4
debug1: match: OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.4 pat OpenSSH* compat 0x04000000
debug1: Authenticating to XXX.XXX.130.0:22 as 'ubuntu'

更新二

一时兴起，我尝试将主机从“127.0.0.1”更改为“localhost”，只是想看看会发生什么，以及这是否能说明问题。略有不同的错误：

Error in connection_create(host, username, password, dbname, as.integer(port),  : 
  Failed to connect: Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' (2)

仍然没有解决方案或解释——你能帮忙吗？

【问题讨论】：

标签： mysql r ssh r-dbi

【解决方案1】：

我花了很长时间，但这是我解决这个问题的方法：

我将此添加到 /etc/mysql/.my.cnf：

[destination]
 user=`username`
 port=3308
 proto=TCP

然后我使用以下连接到云服务器：

ssh ubuntu@xxx.xxx.xxx.x -L 3308:127.0.0.1:3306

我可以在 R 外部的终端窗口中运行它，或者我可以在 RStudio 的终端窗口中运行它——无论哪种方式，以下工作：

con <- dbConnect(RMariaDB::MariaDB(),
                 user = '`username`',
                 password = decrypt_kc_pw("`pw_profile_name`"),
                 groups = "destination",
                 default.file = "/etc/mysql/.my.cnf",
                 host = '127.0.0.1',
                 port = 3308,
                 dbname='`db_name`')

【讨论】：

谢谢！在我的情况下，它无需编辑 /etc/mysql/.my.cnf

【解决方案2】：

史蒂夫，谢谢你 - 经过一些小改动后，它对我来说非常有效。

我的保存在 /etc/mysql/mariadb.cnf 文件中。

con <- dbConnect(RMariaDB::MariaDB(),
user = "yourusername",
password = "yourpassword",
groups = "destination",
default.file = "/etc/mysql/mariadb.cnf",
host = '127.0.0.1',
port = 3308,
dbname="yourdb_name")

【讨论】：