如何将 as_tbl_graph() 与 group_by() 一起使用？

Question

这是我最近遇到的issue on calculating graph depth 的后续问题。这涉及到 tidyverse 和 tidygraph。在阅读了 tidygraph 之后，我觉得我应该尝试一下，但我在工作流程中遇到了一个新问题。

当使用来自 dplyr 的 group_by() 动词为每个组创建图表时，来自 tidygraph 的 as_tbl_graph() 中的 guess_df_type() 函数并不像我想的那样'正在寻找，但我找不到按预期设置 from 和 to 值的方法。这是一个可重现的示例：

library(tidygraph)
library(tidyverse)

tmp <- tibble(
  id_head = as.integer(c(4,4,4,4,4,4,5,5,5,5)),
  id_sec  = as.integer(c(1,1,1,2,2,2,1,1,2,2)),
  token   = as.integer(c(1,2,3,1,2,3,1,2,1,2)),
  head    = as.integer(c(2,2,2,1,1,2,2,2,2,2)),
  root    = as.integer(c(2,2,2,1,1,1,2,2,2,2))
) 
tmp %>%
  group_by(id_head, id_sec) %>% 
  as_tbl_graph()

结果是：

# A tbl_graph: 4 nodes and 10 edges
#
# An undirected multigraph with 1 component
#
# Node Data: 4 x 1 (active)
   name
  <chr>
1     4
2     5
3     1
4     2
#
# Edge Data: 10 x 5
   from    to token  head  root
  <int> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
1     1     3     1     2     2
2     1     3     2     2     2
3     1     3     3     2     2
# ... with 7 more rows

节点不是取自令牌列，而是取自id_head 和id_sec。

进一步研究后，我将token 和head 重命名为from 和to，这至少解决了第一个问题：

tmp %>% 
  rename(
    from = token,
    to = head
  ) %>% 
  as_tbl_graph(directed = FALSE) 

结果：

# A tbl_graph: 3 nodes and 10 edges
#
# An undirected multigraph with 1 component
#
# Node Data: 3 x 1 (active)
   name
  <chr>
1     1
2     2
3     3
#
# Edge Data: 10 x 5
   from    to id_head id_sec  root
  <int> <int>   <int>  <int> <int>
1     1     2       4      1     2
2     2     2       4      1     2
3     2     3       4      1     2
# ... with 7 more rows

让我进一步阐述我遇到的问题。当我尝试在图中使用 group_by(id_head,id_sec) 时，结果是一个错误：

tmp %>% 
  as_tbl_graph() %>%
  group_by(id_head, id_sec)

grouped_df_impl(data, unname(vars), drop) 中的错误：

id_head 列未知

所以无论哪种方式，我都不明白如何将 group_by 与 tidygraph 一起使用。很感谢任何形式的帮助！提前致谢。

另外，很抱歉使用 igraph 作为标签，它应该是 tidygraph，但它还不存在。 tidygraph 是建立在 igraph 和 tidyverse 之上的。

Answer 1

对于第一个问题，我有点不确定应该如何将你的 data.frame 解析为图形 - tidygraph 包含有关它理解的所有图形表示的文档，我建议你查阅这个。

对于第二个问题 - 这只是节点处于活动状态而边缘包含您要分组的变量的问题。只需在分组前激活边缘...

tmp %>% 
  rename(
    from = token,
    to = head
  ) %>%
  as_tbl_graph() %>%
  activate(edges) %>%
  group_by(id_head, id_sec)