如何将列表中的数据框名称传递给 sqldf？

Question

我正在使用 sqldf 包注释几个数据帧。 注释数据位于数据框 annot 中。 我使用INNER JOIN通过id值选择对应的信息

为了自动化这个过程，我写了下面的代码：

prepareAnnot <- function(x){  
annoted <- sqldf("SELECT x.*, 
annot.* 
FROM x INNER JOIN annot 
ON x.id = annot.id;")

return(annoted)}

我将 5 个数据框（A、B、C、D、E）放入一个列表中，并想应用 prepareAnnot 函数 并将带注释的数据保存在后缀为“annotated”的新数据框中

myresults <- list(A=A,B=B,C=C,D=D,E=E)

for (i in seq_along(myresults)){
assign (paste(names(myresults)[i],"annotated",sep="_"),prepareAnnot(myresults[i]))
}

但是，prepareAnnot 函数似乎无法识别我列表中的数据框名称。 我收到以下错误消息：

Error in sqliteExecStatement(con, statement, bind.data) : 
RS-DBI driver: (error in statement: no such table: x)

我应该如何正确地将列表中的数据框名称传递给函数？

Answer 1

我无法复制您的错误。此外，这样使用assign() 也不是一个好主意。如果您有一堆相关的变量，最好将它们保存在一个列表中，以便您可以轻松地对它们运行矢量化操作。这是一个工作示例

annot <- data.frame(id=1:10, n=letters[1:10])
prepareAnnot <- function(x) {
    sqldf("select x.*, annot.n from x INNER JOIN annot ON x.id = annot.id")
}

myresults <- list(A=data.frame(id=1:3), B=data.frame(id=4:7))    
annotated <- lapply(myresults, prepareAnnot)
annotated

用“sqldf_0.4-7.1”测试。

如果myresults 中的元素之一不是data.frame，我会得到同样的错误。一定要检查

sapply(myresults, class)

看看它们都是正确的data.frames。