【发布时间】：2012-03-10 20:37:17
【问题描述】：
我的工作是遗传学，我使用汉明距离（在 Matlab 中）来计算病毒基因型之间的遗传距离。
例如：类型 1 具有结构 01234，类型 2 具有结构 21304 等。显然存在许多基因型。因为基因型的长度相同，所以我认为使用汉明距离就可以了。
我的问题是：如何根据汉明距离对基因型进行排序。另一种说法：如何根据它们之间的汉明距离将基因型分类成簇？
谢谢
【问题讨论】：
标签： hamming-distance
【发布时间】：2012-03-10 20:37:17
【问题描述】：
您可以使用严格的方法对此类数据进行聚类。 根据距离矩阵，您可以使用UPGMA 或neighbor joining
单链接或完全链接也是基于距离的聚类方法。
【讨论】：
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感谢您的回复。我使用的距离矩阵给出了每个基因型相对于其他基因型的距离。例如，如果有 10 个基因型，我的矩阵将是 10x10，主对角线上为零（因为基因型与自身之间的距离为 0）。
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这就是距离矩阵的样子 =) 但是我不知道如何在 matlab 中实现这些集群方法。我从未使用过matlab。但我认为谷歌可以提供帮助，或者有人一直在实施它们。