gnu makefile 如何管理来自 patsubst 的 3 个参数

Question

我需要编写一个简单的 makefile 来启动一个程序。该程序需要两个输入参数和一个依赖于输入文件的输出 我在 RAW/ 目录中有所有输入。文件的基本名称相同，但我需要两个文件 R1 和 R2。

RDIR=RAW 外部=最终 RFILES:=$(通配符 $(RDIR)/*_R1_001.fastq.gz) OUTFILE=$(patsubst %_R1_001.fastq.gz,%_R2_001.fastq.gz,$(RFILES)) OUTKAL=$(patsubst $(RDIR)/%_R1_001.fastq.gz,$(OUTDIR)/%,$(RFILES)) .PHONY：清除所有 全部：$（OUTFILE）$（RFILES）$（OUTDIR）$（OUTKAL） $(OUTFILE): $(RFILES) -echo $最终/A -echo "工具 -i "$" $@ $（外部）： mkdir -p $(OUTDIR) 干净的：： $(RM) -rf $(OUTDIR)

执行这样的命令的简单方法是什么

`工具 A_R1_001.fastq.gz -b "A_R2_001.fastq.gz" > FINAL/A`

那么如何结合这个patsubst呢？

Answer 1

这个：

$(OUTFILE): $(RFILES)
    ...

是错误的结构。它使所有输入文件成为每个输出文件的先决条件。另外，你似乎打算构建FINAL/A，但是这条规则告诉Make它的目的是构建RAW/A_R2_001.fastq.gz，这会导致问题。

我们需要的是这样的：

FINAL/A: RAW/A_R1_001.fastq.gz $(OUTDIR)
    tools A_R1_001.fastq.gz -b "A_R2_001.fastq.gz" > FINAL/A

但对于所有输入文件。所以我们写了一个pattern rule，它使用automatic variables：

FINAL/%: RAW/%_R1_001.fastq.gz $(OUTDIR)
    tools $*_R1_001.fastq.gz -b "$*_R2_001.fastq.gz" > $@

然后我们简化all规则：

all: $(OUTKAL)

我们完成了。