【问题标题】:Colouring edges by weight in networkx在networkx中按权重着色边缘
【发布时间】:2014-05-22 22:09:06
【问题描述】:

我在这里只找到了与我想要的类似的东西:

Coloring networkx edges based on weight

但是我似乎无法将此应用于我的问题。我有一个带有加权边的图,但权重不是唯一的(所以有 15 条边的权重为 1)。我想根据边缘的重量为边缘着色,重量越低颜色越浅。

我尝试应用上述问题中建议的方法,但据我了解,这要求权重在每条边上都是唯一的?

到目前为止,我已经按照不同边缘权重的升序制作了一个列表,并希望使用它来对可能的边缘颜色进行分类。我试图避免按重量绘制边缘,因为将来我可能需要绘制一个非常大的图表,边缘上的权重范围很大。

如果不清楚,请在 cmets 中告诉我,我会提供更具体的信息。

谢谢!

编辑: def draw_graph(目标): nlist = [目标]+G.neighbors(目标) H=nx.subgraph(G, nlist) n=H.number_of_edges() 颜色 = 范围(n) 标签,权重 = colour_and_label_edges(H)

pos = nx.spring_layout(H)
nx.draw(H, pos, node_color='#A0CBE2',edge_color=colours, node_size=100, edge_cmap=plt.cm.Blues, width=0.5, with_labels=False)
nx.draw_networkx_edge_labels(H, pos, edge_labels=labels)
plt.savefig("Graphs/edge_colormap_%s.png" % target) # save as png
plt.show() # display
pass

def colour_and_label_edges(graph):
    d={}
    for (u,v) in graph.edges():
        d[u,v]=graph[u][v]['weight']
    temp=[]
    for val in d.values():
        if val not in temp:
            temp.append(val)
    weights = sorted(temp,key=int)
    return d, weights

上面的代码不完整,但想法是函数给了我一个权重列表,如下所示:

[1、2、3、4、5、6、9、10、16、21、47、89、124、134、224]

然后我想使用此列表为每个权重分配一种颜色,权重越高颜色越深。 (相对于数据集,我在此示例中使用了一个非常小的子图)。希望能澄清一点:S

【问题讨论】:

标签: python graph matplotlib networkx


【解决方案1】:

您可以使用边缘权重和颜色图来绘制它们。您可能需要与下面不同的颜色图。

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
import random

G = nx.gnp_random_graph(10,0.3)
for u,v,d in G.edges(data=True):
    d['weight'] = random.random()

edges,weights = zip(*nx.get_edge_attributes(G,'weight').items())

pos = nx.spring_layout(G)
nx.draw(G, pos, node_color='b', edgelist=edges, edge_color=weights, width=10.0, edge_cmap=plt.cm.Blues)
plt.savefig('edges.png')

【讨论】:

  • 嘿 Aric,首先感谢您的回复,看来这正是我所需要的!但是,我将在这里要求一些解释,以便我可以适应我的需要。那么 edge_color 参数根据列表中的数字条目从地图中选择边缘颜色?那么,如果权重是那些条目,它会按数值缩放吗?我的意思是我列表中较大的值会比其他值暗得多吗?作为最后一个问题,当使用更大的图表时,您的代码会足够高效地运行还是有更好的选择?感谢您的耐心等待!
  • 颜色图应用于 edge_color 值。您可以选择具有正确高/低颜色的颜色图(例如尝试 Blues 或 Blues_r)。您可能可以相当快地绘制多达几千条边的图形。比这更多的边缘,你会用这种方法得到一个“毛球”。
  • 我的主图是 ~1M 边,但我想研究的一些子图在这种范围内,所以这应该有很大帮助!感谢您的帮助。
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