unix 的问题：用 sed 合并两行答案

【问题标题】：Issue with unix: merging two lines with sedunix 的问题：用 sed 合并两行
【发布时间】：2020-09-22 23:03:07
【问题描述】：

我有一个无法解决的奇怪问题。我正在使用以下 bash 脚本在 unix 上将两行合并在一起。但是，第一行的最后一列与第二行的第一列合并（没有空格）。有人可以帮忙吗？

sed 'N;s/\n/  /' input.txt >> output.txt

输入：

chr6    108930289   108930461   GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:11373:39475:GCCAAGsize=1
HPV45   5328    5400    GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:11373:39475:GCCAAGsize=1
chr3    153084969   153085002   GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:14560:33322:GCCAATsize=6
HPV45   4014    4219    GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:14560:33322:GCCAATsize=6

输出：（例如 HPV45 附加到它之前的 1）

chr6    108930289   108930461   GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:11373:39475:GCCAAGsize=1HPV45   5328    5400    GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:11373:39475:GCCAAGsize=1
chr3    153084969   153085002   GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:14560:33322:GCCAATsize=6HPV45   4014    4219    GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:14560:33322:GCCAATsize=6

【问题讨论】：

嗨 mevets，感谢您的评论。它不允许我附加 txt 文件。我从输入和输出中粘贴了几行。这有帮助吗？
你试过sed 'N;s/\r\n/ /' file吗？
您好 Oguz，感谢您的回复。我尝试了这个以及我在网上找到的几个不同的选项。发生的情况是第二行保留在第二行中，在它之前只添加了一个空格。我能够真正合并这两行的唯一方法是我使用的代码，它最终将文本合并在一起。如果你还能想到什么，请告诉我，我会试试的。
od -c ./input 在size=1 和HPV45 之间显示什么？例如，当我使用您的示例输入运行它时，我看到 s i z e = 1 \n H P V
嗨，Seige，谢谢。是的，它也向我展示了输入文件的相同内容。然而，在输出文件中，它显示 s i z e = 1 H P V

标签： unix sed merge

【解决方案1】：

您可以使用awk 作为替代。

此脚本保存每个奇数输入行（从 1 开始），并为每个偶数行打印保存的行（不带行分隔符）和当前行：

awk 'NR%2 {save=$0;}
!(NR%2) {print save,$0;}' input.txt >> output.txt

下一个脚本依赖于行首的模式chr 或HPV，而不是使用行号：

awk '/^chr/ {save=$0;} 
/^HPV/ {print save,$0;}' input.txt >> output.txt

根据问题的输入，两个脚本都会产生以下输出：

chr6    108930289   108930461   GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:11373:39475:GCCAAGsize=1 HPV45   5328    5400    GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:11373:39475:GCCAAGsize=1
chr3    153084969   153085002   GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:14560:33322:GCCAATsize=6 HPV45   4014    4219    GWNJ-0842:521:GW1906282259th:8:1101:14560:33322:GCCAATsize=6

注意事项：
如果总行数为奇数，基于行号的脚本将忽略最后一行。
如果输入并不总是包含成对的匹配行，则基于模式的脚本将产生错误的结果。

【讨论】：

谢谢！当我在仅复制我上面发送的两行的输出文件上运行它时，它对我不起作用。如果它改变任何东西，我正在使用 Mac 上的终端来执行此操作。
在 mac 上使用分隔符会不会有问题？问题是其他的 awk 代码对我也不起作用。
@neginValizadegan “对我不起作用”到底是什么意思？由于 cmets 不是为此而设计的，请编辑您的问题、显示输入、您使用的确切命令和结果输出。正如其他人已经写的那样，您可能会遇到由错误或不一致的行尾引起的问题。请同时显示od -c input.txt 和od -c output.txt 的结果。如果您的文件超过几行，请使用 head -4 input.txt | od -c
这个最终为我工作。不是为什么一开始没有。谢谢！：awk 'NR%2 {save=$0;} !(NR%2) {print save,$0;}' input.txt >> output.txt