如何使用 NumPy 在 Python 中读取二进制文件？答案

【问题标题】：How to read binary files in Python using NumPy?如何使用 NumPy 在 Python 中读取二进制文件？
【发布时间】：2017-02-07 06:58:25
【问题描述】：

我知道如何使用 NumPy 的 np.fromfile() 函数在 Python 中读取二进制文件。我面临的问题是，当我这样做时，数组具有非常大的数量，大约为 10^100 左右，具有随机的 nan 和 inf 值。

我需要将机器学习算法应用于此数据集，但我无法处理此数据。由于nan 值，我无法对数据集进行规范化。

我试过np.nan_to_num()，但这似乎不起作用。这样做之后，我的最小值和最大值分别在 3e-38 和 3e+38 范围内，所以我无法对其进行归一化。

有没有办法缩小这些数据？如果没有，我该如何处理？

谢谢。

编辑：

一些上下文。我正在处理恶意软件分类问题。我的数据集由实时恶意软件二进制文件组成。它们是 .exe、.apk 等类型的文件。我的想法是将这些二进制文件存储为 numpy 数组，转换为灰度图像，然后对其执行模式分析。

【问题讨论】：

尝试pandas读取文件
@maxymoo 可以pandas 读取二进制文件吗？
“二进制文件”是什么意思？您可以在帖子中添加文件示例吗？
您希望得到什么样的数字？您是否尝试过指定dtype 参数？它使用默认的float。
好的，数值不代表实数；难怪浮动版本看起来很奇怪。尝试使用像np.uint8 这样的数据类型，它将每个字节表示为 0 到 255 之间的数字。

标签： python numpy machine-learning data-mining

【解决方案1】：

如果要从二进制文件中生成图像，则需要将其作为整数而不是浮点数读取。目前，最常见的图像格式是无符号 8 位整数。

例如，让我们从 /bin/bash 的前 10,000 个字节中制作一个图像：

>>> import numpy as np
>>> import cv2
>>> xbash = np.fromfile('/bin/bash', dtype='uint8')
>>> xbash.shape
(1086744,)
>>> cv2.imwrite('bash1.png', xbash[:10000].reshape(100,100))

在上面，我们使用 OpenCV 库将整数写入 PNG 文件。其他几个图像库中的任何一个都可以使用。

bash 的前 10,000 个字节“看起来”是这样的：

【讨论】：

这成功了！我将二进制文件作为浮点数读取，这导致了错误。我把它读为 uint8 ，它工作得很好。谢谢

【解决方案2】：

编辑 2

参考这个答案：https://stackoverflow.com/a/11548224/6633975

它指出：NaN 不能存储在整数数组中。这是一个已知的目前熊猫的限制；我一直在等待进展用 NumPy 中的 NA 值制作（类似于 R 中的 NA），但它会在 NumPy 获得这些功能之前至少需要 6 个月到一年，它看来：

来源： http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/gotchas.html#support-for-integer-na

Numpy integer nan
接受的答案状态：NaN 不能存储在整数数组中。 nan 是浮点数组的特殊值only。有关于引入一个特殊位的讨论，该位将允许非浮点数组存储实际上对应于nan 的内容，但到目前为止（2012/10），这只是讨论。同时，您可能需要考虑 numpy.ma 包：您可以使用特殊的 numpy.ma.masked 值来表示无效值，而不是选择像 -99999 这样的无效整数。

a = np.ma.array([1,2,3,4,5], dtype=int)
a[1] = np.ma.masked
masked_array(data = [1 -- 3 4 5],
             mask = [False  True False False False],
       fill_value = 999999)

编辑 1

读取二进制文件：

读取二进制文件内容如下：

with open(fileName, mode='rb') as file: # b is important -> binary
    fileContent = file.read()

之后你可以使用struct.unpack“解压”二进制数据

如果你使用np.fromfile()函数：

numpy.fromfile, 它可以从文本和二进制文件中读取数据。你会先构造一个数据类型，它代表你的文件格式，使用 numpy.dtype, 然后使用numpy.fromfile从文件中读取此类型。

【讨论】：