逐行读取文件并在另一个文件中搜索具有部分匹配的行答案

【问题标题】：Read in file line by line and search another file for a line with a partial match逐行读取文件并在另一个文件中搜索具有部分匹配的行
【发布时间】：2019-05-07 12:49:45
【问题描述】：

我有一个文件与另一个文件中的行部分匹配。为了做到这一点，我希望生成一个 while 循环，其中读取并将每行部分匹配的变量替换为 grep 命令以搜索具有部分匹配的数据库文件，但由于某种原因，我没有得到输出（一个空的 outputfile.txt)。

这是我当前的脚本

while read -r line; do
    grep $line /path/to/databasefile >> /path/to/folder/outputfile.txt
done < "/partial_matches.txt"

数据库有多行，其后是序列名称，然后是 DNA 序列：

 >transcript_ab
 AGTCAGTCATGTC
 >transcript_ac
 AGTCAGTCATGTC
 >transctipt_ad
 AGTCAGTCATGTC

部分匹配的搜索文件有文本行：

 ab
 ac

我正在寻找以下的回报：

 >transcript_ab
 >transcript_ac

任何帮助将不胜感激。谢谢。

【问题讨论】：

所以/outputfile.txt 是空的？（P.S. 你是怎么写信给/的？你是以root身份运行的吗？！）
@RobinGreen 是的，outputfile.txt 是空的，我只是没有包含文件的路径，但是我在问题中进行了编辑和澄清
你有写入文件的权限吗？
@RobinGreen 是的，它在我的用户目录中
这并不一定意味着您有权对其进行写入。请检查。

标签： linux bash while-loop grep

【解决方案1】：

您可以使用 for 循环：

for i in $(cat partial_matches.txt); do
grep $i /path/to/databasefile >> /path/to/folder/outputfile.txt
done

另外，请检查您是否有错字： "/partial_matches.txt" -> "./partial_matches.txt"

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您使用的是 GNU grep，那么它的 -f 选项就是您要寻找的：

grep -f /partial_matches.txt /path/to/databasefile

（如果您在 partial_matches.txt 中没有任何模式，而只有字符串，则使用 grep -F 而不是 grep）

【讨论】：