在 R 中使用带有 while 循环的 tryCatch

Question

我正在尝试在 R 中使用 while 循环实现 tryCatch，但遇到了问题。我尝试实施一些建议的解决方案（围绕 for 循环），但没有成功。

本质上，我正在使用 R 查询 API 并循环访问许多相关参数（准确地说是经度和纬度）。我需要一个 tryCatch 块的原因是有时 URL 请求会失败，这反过来会停止脚本运行。我想要做的是忽略错误，将循环计数器增加 1 并继续提取。

我设置的 while 循环是（仅供参考 - 长度是指被循环的数据帧的长度）：

i <- 1
while(i <= length) {
x_cord <- geocode_area$X[i]
y_cord <- geocode_area$Y[i]
target <- getUrl(x_cord,y_cord)
dat <- fromJSON(target)
geocode_area$Block[i] <- dat$result$geographies$`2010 Census Blocks`[[1]]$BLOCK
print(paste(i/length*100,"% completed",sep=""))
print(dat$result$geographies$`2010 Census Blocks`[[1]]$BLOCK)
i <- i + 1 
}

getUrl()函数定义为：

getUrl <- function(x,y) {
root <- "http://geocoding.geo.census.gov/geocoder/geographies/coordinates?"
u <- paste0(root,"x=", x,"&y=", y,"&benchmark=4&vintage=4&format=json")
return(URLencode(u))
}

while 循环的输入 data.frame 看起来像这样（注意我在字符串中抛出了一个错误以测试 tryCatch 是否正常工作）：

          X                 Y          Block
1 -122.425891675136 37.7745985956747     0
2  -122.42436302145 37.8004143219856     0
3 -122.426995326766 37.8008726327692     0
4 -122.438737622757 37.7715411720578     0
5               abc            zsads     0

我尝试了一些 SO 和其他解决方案，但结果似乎无法正常工作。有人可以帮忙吗？

谢谢！

杰克

Answer 1

作为一般说明 - 您的代码有点奇怪。我会推荐一个 for 循环，或者可能更好，一个做这些事情的函数。但是你可以让你的循环工作。

# A minimal working version
library(RJSONIO)
options(stringsAsFactors = FALSE)

# Create a data frame with the example data
geocode_area <- data.frame(X = c("-122.425891675136","-122.42436302145","-122.426995326766","-122.438737622757","abc"),
                           Y = c("37.7745985956747","37.8004143219856","37.8008726327692","37.7715411720578","zsads"),
                           Block = c(0,0,0,0,0))

# Your old function, unchanged
getUrl <- function(x,y) {

    root <- "http://geocoding.geo.census.gov/geocoder/geographies/coordinates?"
    u <- paste0(root,"x=", x,"&y=", y,"&benchmark=4&vintage=4&format=json")
    return(URLencode(u))
}

# Getting the length parameter
length <- nrow(geocode_area)
i <- 1
while(i <= length) {

    x_cord <- geocode_area$X[i]
    y_cord <- geocode_area$Y[i]
    target <- getUrl(x_cord,y_cord)

    # Here be new code
    # Do a try(), with silent = TRUE, which suppresses outputs to STDERR
    # In principle, this is dangerous - a better approach is to strip out the offending data before invoking it
    # Errors are, after all, there for a reason
    dat <- try(fromJSON(target),silent = TRUE)

    # Now, we conditionally complete the next steps
    # If the class of dat is not a try-error, perform your normal operations
    # Otherwise, bypass and print a note to the console
    if(class(dat) != "try-error") {

        geocode_area$Block[i] <- dat$result$geographies$`2010 Census Blocks`[[1]]$BLOCK
        print(paste(i/length*100,"% completed",sep=""))
        print(dat$result$geographies$`2010 Census Blocks`[[1]]$BLOCK)
    } else if (class(dat) == "try-error") {print("Error encountered, bypassing")}
i <- i + 1
}

编辑添加：显然，这使用try() 而不是tryCatch()。然而，由于海报最终使用了try()，这可能代表了一种不同的方式，所以我想我会留下它。

Answer 2

在评论的好心人的帮助下，我得到了答案。基本上完全避免了 while 循环，而是使用 for 循环。

我不完全确定为什么 while 循环不起作用，我认为这可能与在 finally 块中更新循环计数器的困难有关。

确实，对于我遇到的具体问题，我什至根本不需要 tryCatch。我会使用错误块将我要更新的值设置为 0，但是可以在 for 循环中将输入变量重置为 0。这是必需的，否则将保留前一次迭代的值。我需要将 try 表达式包装在 {} 中也毫无价值，因为有多个表达式。

代码如下。我希望这对某人有帮助！

for(i in 1:length) {
try(
{x_cord <- geocode_area$X[i]
y_cord <- geocode_area$Y[i]
target <- getUrl(x_cord,y_cord)
dat <- fromJSON(target)
geocode_area$Block[i] <- dat$result$geographies$`2010 Census Blocks`[[1]]$BLOCK
print(paste(i/length*100,"% completed",sep=""))
print(dat$result$geographies$`2010 Census Blocks`[[1]]$BLOCK)
dat$result$geographies$`2010 Census Blocks`[[1]]$BLOCK <- 0}
)
}