使用 perlbrew 时如何安装最新的 BioPerl 版本？

Question

我正在使用perlbrew，我想安装最新的 bioperl 版本。我应该使用cpanm 还是git？

如果git - 我只是照常安装（AKA git clone ... 然后制作和构建），还是我应该做一些特别的事情？

更新

具体来说，我不确定我是否理解来自BioPerl Using Git manual的以下专家：

告诉 perl 在哪里可以找到 BioPerl （假设您检查了代码 $HOME/src;将此设置在您的 .bash_profile、.profile 或 .cshrc）：

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

为什么要这样做？

更新 2

简单地导出 bioperl 克隆目录不会影响所有 bp_***.pl 脚本（通常在正常的 Build 安装后在 /usr/bin/ 下找到）。

在使用perlbrerw 切换到正确的perl 版本后，我还尝试从克隆的目录构建，但随后它运行cpan shell 来安装一些似乎不适用于perlbrew 的依赖项（而不是@ 987654333@).

所以，我的问题仍然存在......

谢谢！

Answer 1

最新的BioPerl 总是在GitHub 上，所以 git 是你的答案。你是否想要最前沿是另一回事，但在关注 BioPerl 邮件列表一段时间后，我感觉如果你对 BioPerl 有任何问题，开发人员更有可能说“install from GitHub”，尤其是因为@ 987654324@ 是从 2009 年开始的。从那以后有了很大的发展。

至于安装它，我不明白你为什么不能在使用 perlbrew perl 后继续执行标准的 git clone ... make/build dance，因为这就是重点perlbrew。 :-)

问题更新更新： 关于设置PERL5LIB 的说明就在那里，因为一旦您通过git 克隆了BioPerl，就不需要构建它；开箱即可使用。假设你没有将它克隆到@LIB 的目录中，你需要告诉 Perl 在哪里可以找到它。无论您是否使用perlbrew，您都必须这样做。

基本上这个过程是这样的：

1. 从 GitHub 克隆 BioPerl。
2. 确保您使用的是 perlbrew 安装的 Perl。
3. 按照 BioPerl 说明设置 PERL5LIB 环境变量。
4. 运行 perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;' 以确保您使用的是刚刚签出的 BioPerl。

看看the sourcecode，我认为#4 应该打印出 1.006900（或者可能是 1.6.9，我永远无法保持 Perl 版本号不变）。