如何循环包含名称列表的 file.txt？答案

【问题标题】：How to Loop on a file.txt containing a list of names?如何循环包含名称列表的 file.txt？
【发布时间】：2021-10-24 16:28:28
【问题描述】：

我正在使用 MacOS。

我正在尝试通过 fimo 工具对转录因子 Motifs 进行注释。我需要在文件 MotifsList.txt 中包含的多个 Motifs --motif $line 名称上运行 fimo。为了工作，fimo 需要访问 MotifsList.txt 旁边的另外 2 个文件（file.meme、file.fa）。我会使用生成的包含脚本的 file.sh 从 命令行 运行所有内容。所有需要的文件； .txt、.sh、.meme 和 .fa 存储在名为 Motifs_analysis 的同一文件夹中。我希望将输出 Resultfile 保存在同一张 cd 中。

MotifsList.txt 文件中的行：

MOTIF BU0001.Arid3a_primary
MOTIF MA0151.1 Arid3a
MOTIF MA0601.1 Arid3b
MOTIF ARNT_HUMAN.H11MO.0.B
....

file.sh 包含脚本的文件：

#!/bin/bash
while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do
    fimo --thresh 1e-4 --no-qvalue --max-stored-scores 10000000 --motif $line --text file.meme genome.fa > ResultFile
done < $1

命令行输入以启动 bash 作业：

cd /Users/myho2345/Desktop/Motifs_analysis
chmod +x file.sh
./file.sh MotifsList.txt

*错误：

zsh: ./file.sh: bad interpreter: /bin/bash^M: no such file or directory

脚本不正确。我哪里做错了？

最好，非常感谢您的帮助！！！！

【问题讨论】：

您好，欢迎来到 SO。 “使用 bash，找不到 file.sh”：你检查它的存在了吗（ls /Users/myho2345/Desktop/Motifs_analysis/file.sh）？
@Myke - 找不到文件.sh 不是真正的错误信息，可以吗？
@RenaudPacalet 是的，它在文件夹中，并且脚本中名称的每个字母都相同。
@Myke 所以，请不要重新措辞，而是准确地复制粘贴错误消息。每个细节都很重要。
尝试使用dos2unix 删除脚本中的 windows 行尾。

标签： bash list loops command-line

【解决方案1】：

^M 是 DOS 文件系统中的回车符，它是“不可见的”。

2 个修复选项：

# Option 1
dos2unix file.sh

# Option 2
sed -i 's/\r//g' file.sh

【讨论】：