Perl 将 bash 管道发送到 Java答案

【问题标题】：Perl issues bash pipe into JavaPerl 将 bash 管道发送到 Java
【发布时间】：2012-08-23 20:10:29
【问题描述】：

我是 Perl 初学者。我有这个 Perl sn-p

$normal_pileup = "samtools mpileup -q 1 -f XXXX YYYYY";
$tumor_pileup = "samtools mpileup -q 1 -f XXXX ZZZZZ";

bash -c \"java -jar ttt.jar  <\($normal_pileup\) <\($tumor_pileup\) output

他们尝试发出系统调用，将这些命令的输入通过管道传输到 Java 程序中。我无法让它工作。谁能告诉我怎么做？

【问题讨论】：

'bash -c...' 行是 perl 脚本的一部分吗？对我来说，它看起来不像是有效的 perl。

标签： java perl bash pipe

【解决方案1】：

您不能直接从 Perl 调用 bash。但是，如果您使用 system，则会调用 /bin/sh，这可能不支持进程替换。

一种可能的解决方法是

system qq(echo 'java -jar ttt.jar  <($normal_pileup) <($tumor_pileup) output' | bash);

【讨论】：

【解决方案2】：

$normal_pileup = "samtools mpileup -q 1 -f XXXX YYYYY";

不会执行任何命令，只会将samtools mpileup -q 1 -f XXXX YYYYY 存储为字符串。 $tumor_pileup 也一样。

如果你想执行命令使用

$normal_pileup = `samtools mpileup -q 1 -f XXXX YYYYY`;

bash 不是 Perl 命令。

`java -jar ttt.jar  ...`

你的“java”也很可能是错的

使用< 指定读取STDIN 的位置。应该是一个文件，但在您的情况下，您正在指定上一个命令的输出。这仅在samtool 的输出是文件名时才有效。
如果你想让你的 java 程序处理另一个命令的输出，你需要一个管道
```
mycommand | java
```

总结一下，我想你想要

` ( samtools mpileup -q 1 -f XXXX YYYYY; samtools mpileup -q 1 -f XXXX ZZZZZ ) | java -jar ttt.jar output `

【讨论】：

非常感谢您的回复。我的意图是运行两个 bash 命令“samtools mpileup -q 1 -f XXXX YYYYY”和samtools mpileup -q 1 -f XXXX YYYYY。它们的输出将作为两个参数直接传送到 java 程序中。
@user1632530 所以两者都不会生成数据流而只是一个字符串？你能给我们一个示例输出吗？
问题出在 varscan 的使用上。原始网址是varscan.sourceforge.net/somatic-calling.html