【发布时间】：2016-02-07 08:52:17
【问题描述】：
由于我是一名生物学家，并且通过修补和编辑此类论坛中的代码来做我的信息学，因此对于新手的错误，我提前道歉。
我一直在尝试迭代文件并在 File2 中搜索模式，而该模式是 File1 中的第一行。我的目标是在模式后追加一行到 outFile 中。
我的第一次尝试是像这样插入正则表达式：
awk 'c&&!--c;/"${head -1 "$File1"}"/{c=1}' "$File2" >> outFile
第二个将模式存储到变量中：
pattern=$(head -1 "$File1")
awk 'c&&!--c;/"$pattern"/{c=1}' "$File2" >> outFile
（File1 和 File2 标有“$”，因为我用 for 循环调用它们。）
但两者都不起作用。如果我直接写模式它工作正常，所以其他一切似乎都很好。
所以我正在处理序列数据，在爆破之后，我得到了 File1 的命中列表，看起来像这样：
BLAST_hit_Jerry
BLAST_hit_Tom
BLAST_hit_Dog
...
现在杰瑞是最棒的。我想提取第一行（BLAST hit Jerry）并在序列文件（File2）中对其进行模式匹配，如下所示：
>BLAST_hit_BugsBunny_andsomethingelse
unique_sequence_BugsBunny
>BLAST_hit_MickyMouse_andsomethingelse
unique_sequence_MickyMouse
>BLAST_hit_Jerry_andsomethingelse
unique_sequence_Jerry
...
我有许多 File1 BLAST 命中文件和相应的 File2 序列文件，我对其进行迭代，并且总是将一个与最高 BLAST 命中相对应的唯一序列文件存储到 outFile 中。 outFile 看起来像：
unique_sequence_Jerry
unique_sequence_from_second_loop_(other sequence corresponding to next top BLAST hit)
unique_sequence ...
感谢您的帮助！
【问题讨论】：
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您要匹配的是正则表达式模式还是固定字符串？
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我正在尝试匹配正则表达式，它返回字符串（File1 中的第一行）。我刚刚用固定字符串验证了其余代码工作正常。
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在文件夹中，我有多个 File1 - File2 对，我对其进行迭代并将输出存储到单个 outFile 中。
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感谢您添加示例输入，但它与输出的关系并不完全清楚。您能否显示特定输入的准确输出？
标签： regex bash variables pattern-matching