每天在 OSX 中使用 crontab 运行 R 脚本答案

【问题标题】：Running R script daily using crontab in OSX每天在 OSX 中使用 crontab 运行 R 脚本
【发布时间】：2017-01-18 01:35:02
【问题描述】：

我想设置一个 crontab，在周一至周五每天下午 5 点运行 emailSender.R 脚本。

emailSender.R的脚本如下：

library(rmarkdown)

rmarkdown::render("htmlmarkdown.Rmd")


library(gmailR)
gmailR::gmail(
  to =c("recipient@email.com"),
  subject = "Subject",
  message = "Message",
  username = "me@email.com",
  password = "password",
  attachment = "htmlmarkdown.html"
)

然后我打开终端，首先输入 crontab -e 来设置 crontab。

然后弹出一个窗口，我尝试使用以下代码设置我的 cronjob。

0 17 * * * Rscript /Users/username/emailSender.R

很遗憾，emailSender.R 没有按计划运行。

非常感谢任何有关获取 crontab 来安排我的 R 脚本的帮助

编辑：回到我的终端并输入 Rscript 后，系统会提示我：

-bash: Rscript: command not found

也许我必须在我的 PATH 中设置 Rscript，然后 cron 才能设置任务。尽管进行了广泛的搜索，但不确定如何做到这一点。

【问题讨论】：

就我个人而言，我使用 cron GUI（在 Linux 上，它被称为计划任务）来设置我的 cron 作业，并让它运行 bash r_script_runner.sh。该文件的第一行只有#! /bin/bash 和path/to/r_script.R。这工作正常。
感谢我尝试在 OSX 上使用 cronnix GUI，但也无法正常工作。
按 Escape 退出插入模式，然后输入 :wq 写入并退出。
在终端中键入 which Rscript 以查找它的安装位置，然后在您的 crontab 中使用该完整路径，而不是普通的 Rscript。
如果您希望使用图形编辑器来编辑您的 crontab，请在运行 crontab -e...export EDITOR=/Applications/TextEdit.app/Contents/MacOS/TextEdit之前执行此操作

标签： r macos cron crontab

【解决方案1】：

尝试安装 cronR 包。

完成此操作后，您应该能够导航到工具 > 插件，您可以在其中执行包。它将调出一个调度程序，让您可以安排脚本运行的时间。

如果您有权限问题，请转到系统偏好设置 > 安全 > 隐私。单击“全盘访问”并授予 RStudio/R 访问权限。这应该允许您安排作业在将来运行。

【讨论】：

【解决方案2】：

你需要包含Rscript的路径：

0 17 * * * /usr/local/bin/Rscript /Users/username/emailSender.R

【讨论】：

【解决方案3】：

在开头添加此代码：

Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc")

【讨论】：