在 Python 中将 CSV 与不同的列合并

Question

我有数百个大型 CSV 文件，我想将它们合并为一个。但是，并非所有 CSV 文件都包含所有列。因此，我需要根据列名而不是列位置合并文件。

明确一点：在合并的 CSV 中，来自没有该单元格列的行的单元格的值应该为空。

我不能使用 pandas 模块，因为它会让我内存不足。

有没有可以做到这一点的模块，或者一些简单的代码？

Answer 1

csv.DictReader 和 csv.DictWriter 类应该可以正常工作（请参阅Python docs）。像这样的：

import csv
inputs = ["in1.csv", "in2.csv"]  # etc

# First determine the field names from the top line of each input file
# Comment 1 below
fieldnames = []
for filename in inputs:
  with open(filename, "r", newline="") as f_in:
    reader = csv.reader(f_in)
    headers = next(reader)
    for h in headers:
      if h not in fieldnames:
        fieldnames.append(h)

# Then copy the data
with open("out.csv", "w", newline="") as f_out:   # Comment 2 below
  writer = csv.DictWriter(f_out, fieldnames=fieldnames)
  for filename in inputs:
    with open(filename, "r", newline="") as f_in:
      reader = csv.DictReader(f_in)  # Uses the field names in this file
      for line in reader:
        # Comment 3 below
        writer.writerow(line)

以上评论：

1. 您需要提前将所有可能的字段名称指定给DictWriter，因此您需要遍历所有CSV 文件两次：一次查找所有标题，一次读取数据。没有更好的解决方案，因为在DictWriter 可以写第一行之前需要知道所有的标题。这部分使用集合而不是列表会更有效（列表上的in 运算符相对较慢），但对于几百个标题不会有太大区别。集合也会失去列表的确定性排序 - 每次运行代码时，列都会以不同的顺序出现。
2. 以上代码适用于 Python 3，在没有 newline="" 的情况下，CSV 模块中会发生奇怪的事情。在 Python 2 中删除它。
3. 此时，line 是一个以字段名称为键，列数据为值的字典。您可以在 DictReader 和 DictWriter 构造函数中指定如何处理空白或未知值。

此方法不应耗尽内存，因为它永远不会一次加载整个文件。

Answer 2

对于我们这些使用 2.7 的人来说，这会在“out.csv”中的记录之间添加一个额外的换行符。要解决此问题，只需将文件模式从“w”更改为“wb”即可。

Answer 3

您可以使用 pandas 模块轻松完成此操作。这个 sn-p 假设您所有的 csv 文件都在当前文件夹中。

import pandas as pd
import os

all_csv = [file_name for file_name in os.listdir(os.getcwd()) if '.csv' in file_name]

li = []

for filename in all_csv:
    df = pd.read_csv(filename, index_col=None, header=0, parse_dates=True, infer_datetime_format=True)
    li.append(df)

frame = pd.concat(li, axis=0, ignore_index=True)
frame.to_csv('melted_csv.csv', index=False)

Answer 4

@Aaron Lockey 的解决方案，这是公认的答案，对我来说效果很好，除了文件没有标题。输出没有标题，只有行数据。每列都没有标题（键）。所以我插入了以下内容：

writer.writeheader()

它对我来说非常好用！所以现在整个代码如下所示：

    import csv
    ``inputs = ["in1.csv", "in2.csv"]  # etc

    # First determine the field names from the top line of each input file

`# Comment 1 below

    `fieldnames = []


  with open(filename, "r", newline="") as f_in:
    reader = csv.reader(f_in)
    headers = next(reader)
    for h in headers:
      if h not in fieldnames:
        fieldnames.append(h)

# Then copy the data
with open("out.csv", "w", newline="") as f_out:   # Comment 2 below
  writer = csv.DictWriter(f_out, fieldnames=fieldnames)
writer.writeheader() #this is the addition.       
for filename in inputs:
        with open(filename, "r", newline="") as f_in:
          reader = csv.DictReader(f_in)  # Uses the field names in this file
          for line in reader:
            # Comment 3 below
            writer.writerow(line)