覆盖在命名空间中导入的函数

Question

由于 R 中的 termplot 函数包含一些奇怪的代码，这些代码会给我带来烦人的错误，我想在我自己的测试代码中覆盖它，直到找到更持久的解决方案。问题是 mgcv 包没有加载更改的函数。 mgcv 包使用 NAMESPACE 文件中的 importFrom() 从其命名空间中的 stats 包加载 termplot。

如何说服 mgcv 使用更改后的术语图？我试过了：

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))

当应用于 lm-objects 时，这有效并且使用了更改后的术语图。但是当使用由 mgcv 包制作的 gam-objects 时，这是行不通的。如果可以避免的话，我真的不会从源代码构建 stats 包...

为了澄清，我也尝试过

assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="stats")
assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="mgcv")

在所有可能的组合中，在附加 mgcv 之前，在附加 mgcv 之后，我没有设法让它工作。

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编辑：

我尝试了这里给出的所有选项（除了重建任何一个包），但无法让它工作。对我来说最简单的方法是使用包装函数。可以在here 找到该讨论。感谢所有提示。

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一个可重现的例子：

my.termplot <- function (x) print("my new termplot")

  unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
  assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="stats", envir=as.environment("package:stats"))
  assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
  lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))


y <- 1:10
x <- 1:10
xx <- lm(y~x)
termplot(xx)
require(mgcv)
dat <- gamSim(1, n = 400, dist = "normal", scale = 2)
b <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + x3, data = dat)
plot(b,all=TRUE)

plot.gam 为非平滑项（在本例中为 x3）调用 termplot，但找不到新的 termplot 函数。

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EDIT2：显然，我的示例有效。我现在看到我解决了自己的问题：在第一个代码中，我没有在 assignInNamespace 中添加命名空间和包。重要的是要记住在加载另一个包之前更改命名空间和包中的函数。感谢@hadley 为我指明了正确的方向，@Marek 用于测试代码并报告它的工作原理，其余的则用于努力回答。

Answer 1

我很难过 - 我无法弄清楚 plot.gam 是如何定位 termplot - 据我所知，它没有使用普通的范围规则。这似乎需要对命名空间的理解比我目前拥有的更深入。

my.termplot <- function (x) print("my new termplot")

# where is it defined?
getAnywhere("termplot")
# in package and in namespace

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, "package:stats")

unlockBinding("termplot", getNamespace("stats"))
assign("termplot", my.termplot, getNamespace("stats"))

getAnywhere("termplot")[1]
getAnywhere("termplot")[2]
# now changed in both places

y <- 1:10
x <- 1:10 + runif(10)
xx <- lm(y ~ x)
termplot(xx) # works

library("mgcv")
b <- gam(y ~ s(x), data = data.frame(x, y))
plot(b) # still calls the old termplot

# I'm mystified - if try and find termplot as
# seen from the environment of plot.gam, it looks 
# like what we want
get("termplot", environment(plot.gam)) 

Answer 2

我认为 trace() 函数会自动执行上面尝试的操作。做：

trace('termplot', edit='gedit')

其中 'gedit' 是文本编辑器的名称。编辑器将打开原始代码，您可以粘贴您想要的任何替换代码。

要返回原始版本，只需 untrace('termplot')

警告：当文本编辑器打开许多文件但它不起作用时，我尝试使用它。所以我在我的系统上使用了一个我不经常使用的文本编辑器“gedit”。这样我确信 R 会打开一个新的 'gedit' 实例。

我不确定这会有所帮助，但我认为值得一试。有命名空间时的搜索顺序真的很混乱。

Answer 3

尝试覆盖您从中调用termplot 的函数。猜测一下，这是mgcv 包中的plot.gam。

首先加载必要的包。

library(mgcv)

这是您的备用 termplot 函数，已添加到 stats 命名空间。

my.termplot <- function (model, ...) 
{
  message("In my.termplot")
}

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))

同样，这是添加到 mgcv 命名空间的包装函数。

my.plot.gam <- function (x, ...) 
{
  message("In my.plot.gam")
  my.termplot()
}

unlockBinding("plot.gam", as.environment("package:mgcv"))
assign("plot.gam", my.plot.gam, as.environment("package:mgcv"))
lockBinding("plot.gam", as.environment("package:mgcv"))

这是一个测试它的例子，取自?gam。

dat <- gamSim(1, n = 400, dist = "normal", scale = 2)
b <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + s(x3), data = dat)
plot(b)