【问题标题】:How to feed nifti Images in Conv Neural Network (Unet)如何在 Conv 神经网络 (Unet) 中输入 nifti 图像
【发布时间】:2020-11-03 18:01:30
【问题描述】:

对于我的论文,我有 16 个 nifti MRI 图像(尺寸:162×162×192),我的计划是使用 Conv 神经网络,我将 10 和 6 个图像划分为训练和测试图像。 问题是,如何将 Unet 中的 nifti 图像作为输入和输出的训练图像提供,以及如何提供测试图像?谢谢。

【问题讨论】:

  • 格式化问题以便更清楚。
  • @Naemul 使用 Nibabel 库从 Nifti 图像中将图像提取为 png 文件,然后将它们作为图像直接提供给网络,您还将获得图像作为输出。
  • @BelalHomaidan 谢谢你的回答,但我需要漂亮的输出文件,在这种情况下,我必须再次将所有输出重建到 nifti 中。我仍然不知道如何保持所有信息与原始信息相同。
  • @Naemul 保存标题和仿射变换,预测后您可以将图像堆叠在 3D 数组中并将其与标题和仿射变换连接,然后您可以将它们格式化为 nifti,阅读 Nibabel 文档很容易.

标签: python-3.x conv-neural-network unity3d-unet nifti medical-imaging


【解决方案1】:

您可以使用TorchIO。这是Google Colab notebook,其中 NIfTI 图像被输入 UNet 以进行 3D 大脑分割。

【讨论】:

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