使用 s 命令替换变量答案

【问题标题】：Using s command to subsitute variables使用 s 命令替换变量
【发布时间】：2015-01-25 09:32:33
【问题描述】：

我需要替换一个不正确的 Illumina fasta 标头以在 QIIME 中进行格式化，而这个脚本并不像我想要的那样工作。我需要能够输入变量并使用 unix "s" 命令。有什么想法吗？

print 'What is the exact sequence of characters to replace? ';
chomp (my $seq_char = <> );
print 'What is the new label to attach? ';
chomp (my $label = <> );

while( $seq = $seq_in->next_seq() )
{
        my $seqName = $seq->id;
        $seqName =~ s/\'$seq_char'/\'$label' /g; #replace original characters with new label
        $seqName =~ s/(gi\.\w*)\..*/$1/;

【问题讨论】：

没有's'命令，它更像是一个表达式，寻找某些模式并用不同的指定字符串替换它们。您需要在 fasta 标头中更改什么模式？
您好，欢迎来到本网站。 1) 没有 UNIX s 命令这样的东西；您可能是指 Perl 的 s/// 运算符。 2）您需要向我们展示您的输入和所需的输出。 3) 您需要准确解释您的脚本是如何失败的，以便我们能够提供帮助。 4）您需要解释脚本是如何执行的，带有哪些参数。 5）您需要显示所有相关行。 next_seq() 函数是什么？ $seq 在哪里定义？请edit您的问题来解决这些问题。

标签： regex perl text-processing substitution

【解决方案1】：

你那里似乎有一些杂散的单引号：

my $seqName = "foobar";
my $seq_char = "foo";
my $label = "HELLO";
$seqName =~ s/\Q$seq_char/$label/g;
say $seqName;

HELLObar

尝试坚持一种可变风格：您有camelCase 和word_style——这是个人喜好，但请选择一个并坚持下去。

另请参阅：http://perldoc.perl.org/perlstyle.html

【讨论】：

【解决方案2】：

您的意思是sed 命令吗？

您也可以使用 Bash one-liner 来做到这一点： cat {your_file} | sed 's/$gi\.\w*$\..*/\1/' | sed 's/$seq_char/$label /g'

请注意正则表达式模式，例如：

echo gi.1234562.123124 | sed 's/\(gi\.\w*\)\..*/\1/'

输出

gi.1234562

并且将插入一个空格，sed 's/$seq_char/$label /g'

【讨论】：