提供 hclust 对象时加快热图和热图（NMF 包）中的错误答案

【问题标题】：speed up heatmap and error in aheatmap (NMF package) when providing a hclust object提供 hclust 对象时加快热图和热图（NMF 包）中的错误
【发布时间】：2015-11-15 01:26:47
【问题描述】：

我试图加快我的热图创建速度，主要计划是使用 amap 包中的 hcluster 函数来并行化集群。

我阅读了aheatmap 文档，我可以提供一个hclust-object，并且我在堆栈溢出的某处阅读，层次聚类是主要瓶颈。所以我想只计算一次聚类并将其提供给我的热图。

现在我收到以下错误：

clust_mat 中的错误（mat，Rowv，distfun = distfun，hclustfun = hclustfun，： aheatmap - 无效的聚类函数：必须是字符串或函数

pg_h <- matrix(rnorm(10000),ncol = 10)

d <- dist(pg_h)
h <- hclust(d)
aheatmap(pg_h, 
         Colv=NA,
         scale='row',
         distfun=d, 
         hclustfun=h)

谁能帮我解决这个问题，或者有没有其他方法可以创建我的热图。我有大约 8000 行和 15 列，这需要一个多小时。我只想对行进行聚类。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

至少对于错误，我相信在这种情况下您必须传递从您的hclust 类对象（h）获得的方法，如下所示：

aheatmap(pg_h, 
     Colv=NA,
     scale='row',
     distfun=d, 
     hclustfun=h$method)

以下：

您可以在相关对象的str 中看到method：

> str(h)
#List of 7
#$ merge      : int [1:999, 1:2] -778 -321 -191 -549 -133 -176 -94 -514 -653 -359 ...
#$ height     : num [1:999] 0.914 0.927 0.934 0.951 0.963 ...
#$ order      : int [1:1000] 74 910 12 864 979 849 218 361 478 974 ...
#$ labels     : NULL
#$ method     : chr "complete"
#$ call       : language hclust(d = d)
#$ dist.method: chr "euclidean"
#- attr(*, "class")= chr "hclust"

至于问题的第一部分（加速，如果这是您所指的），通过hclust 对象传递方法确实似乎可以更快地产生输出。以下是一些基准：

system.time(aheatmap(pg_h, Colv=NA, scale='row', distfun=d, hclustfun=h$method))
#   user  system elapsed 
#   3.31    0.36    3.87 
system.time(aheatmap(pg_h, Colv=NA, scale='row', distfun=d, hclustfun="complete"))
#   user  system elapsed 
#   3.51    0.65    4.35

请注意，hclustfun（“完成”）的方法在两种情况下都是相同的。

【讨论】：