R：错误说参数的“类型”（字符）无效答案

【问题标题】：R: Error says invalid 'type' (character) of argumentR：错误说参数的“类型”（字符）无效
【发布时间】：2021-05-04 09:37:52
【问题描述】：

我是 R 新手，我正在尝试使用 TCGA.GTEX 数据集查看肿瘤与正常之间的基因表达差异。我正在尝试查找所有列的日志折叠变化。

这是我应用的代码：

GELogFoldChanges <- apply(TCGA_GTEX_lung[-7], 2, function(x) log(sum(x[1:1011]/sum(x[1012:1299])))

但是出现这个错误：

sum(x[1:1011]) 中的错误：参数的“类型”（字符）无效

这个错误是什么意思，我应该如何更正这个代码？

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

在我看来TCGA_GTEX_lung[-7] 中的某些列是字符。您需要数字来计算总和。您可以使用代码apply(df, 2, function(x) class(x)) 进行检查。如果是这种情况，您可以使用as.numeric() 将字符转换为数字。

编辑

apply(df,2,function(x) log(sum(suppressWarnings(as.numeric(x))[1:1011]/sum(suppressWarnings(as.numeric(x))[1012:1299], na.rm = TRUE), na.rm = TRUE)))

【讨论】：

嗨！感谢您的回复，我尝试使用以下代码将字符转换为数字： lapply(TCGA_GTEX_lung,as.numeric) 我不确定我是否正确执行此操作，因为出现了：警告消息：1：在 lapply(LTG, as .numeric) ：强制引入的 NA。同样，当我再次运行此代码时： GELogFoldChanges
看看这篇文章（stackoverflow.com/questions/14984989/…），它解释了警告“强制引入的NAs”的含义。简而言之，此警告告诉您在转换过程中创建了一些 NA。我相信这也是你的情况。计算 sum (na.rm = TRUE) 时可以忽略 NA。请参阅上面的更新代码。 @Tah
如何将 sum (na.rm = TRUE) 写入我的代码？ lapply(LTG, as.numeric, sum (na.rm = TRUE) )?
我根据你原来的apply函数编辑了上面的代码。你看见了吗？ apply(TCGA_GTEX_lung[-7],2,function(x) log(sum(as.numeric(x)[1:1011]/sum(as.numeric(x)[1012:1299], na.rm = TRUE), na.rm = TRUE)) @Tah
哦不抱歉我错过了。我运行了你给我的代码，但现在在控制台中出现了一个 + 号。我做错了什么？？