在 R 的 gbm 包中限制 pdp 图上的轴范围答案

【问题标题】：Limit axis range on pdp plot from gbm package at R在 R 的 gbm 包中限制 pdp 图上的轴范围
【发布时间】：2017-04-19 19:10:08
【问题描述】：

我试图限制部分依赖图的 x 轴（以便有效地扩大有趣的区域）。我曾尝试使用 xlim 选项，但它不起作用。

我创建了一个快速示例来复制问题：

library(gbm)

xdata <- iris

# reformulate problem as binary classification
xdata$Species <- as.character(xdata$Species)
change.classes <- function(prev) {
  if (prev == 'setosa') {
    return(1)
  }
  else return(0)
}
ydata <- as.integer(sapply(xdata$Species, change.classes))
xdata$Species <- NULL

# train gbm model
set.seed(250)
fit <- gbm(ydata ~ ., data = xdata,
           distribution = 'bernoulli',
           n.trees = 100,
           interaction.depth = 3,
           n.minobsinnode = 10,
           shrinkage = 0.03,
           bag.fraction = 0.5,
           train.fraction = 1.0)

# plot partial dependency plot
plot.gbm(fit, i.var = "Petal.Length", n.trees = 95, xlim = c(2,3))

正如你可以看到下面的图片 x - 轴范围从 1 到 7 涵盖了数据集的所有值，尽管我设置了 xlim。

如何使 xlim 正常工作（并将图表限制在 2 到 3 之间的范围内）？或者还有其他方法可以实现吗？

【问题讨论】：

标签： r gbm

【解决方案1】：

我不确定为什么这里会忽略 xlim 参数，因为它与 gbm 帮助中的示例一样正常工作。在任何情况下，您都可以使用plot.gbm 的return.grid 参数来获取用于绘图的x 和y 值，然后创建自己的绘图。例如：

fit.dat = plot(fit, i.var="Petal.Length", n.trees=95, return.grid=TRUE)

plot(fit.dat$Petal.Length, fit.dat$y, type="l", xlim=c(2,3))

【讨论】：

酷，谢谢。也许 xlim 不工作是一个错误？不知道如何检查和/或去哪里提交。
您可以转到gbm package development page on Github 并在issues 选项卡中将此作为潜在错误提交。
我查看了 gbm 存储库，他们有一个 pull request 可以解决此问题，但尚未发布。

【解决方案2】：

你也可以试试pdp包；这个包旨在为 R 中各种类型的拟合模型构建 PDP。但是请注意，这个包更通用，并且没有利用 GBM 所做的相同计算快捷方式。

# Development version works with gbm models
devtools::install_github("bgreenwell/pdp")

# Load the pdp package
library(pdp)

# Use plotPartial to change x-axis limits
fit %>%
  partial(pred.var = "Petal.Length", grid.resolution = 100, n.trees = 95) %>% 
  plotPartial(xlim = c(2, 3))

更好的是，创建您自己的预测值网格：

xgrid <- data.frame(Petal.Length = seq(from = 2, to = 3, length = 100))

partial(fit, pred.var = "Petal.Length", pred.grid = xgrid, 
        plot = TRUE, n.trees = 95)

【讨论】：