R基于带有环境向量的cmd函数绘制PCoA [关闭]答案

【问题标题】：R to plot PCoA based on cmd function with environmental vectors [closed]R基于带有环境向量的cmd函数绘制PCoA [关闭]
【发布时间】：2012-11-26 01:27:14
【问题描述】：

我需要基于具有环境向量的相异矩阵（vegdist，方法 Bray）制作 PCoA 图（cmd 比例）。

我得到了 cmd PCoA 图，但是，我不知道如何绘制环境变量的向量。

是否应该将它们放在单独的文件中。是否使用了 envfit 功能？作为初学者如何使用？

如果有人可以一步一步告诉我如何做到这一点，那就太好了。

谢谢。

【问题讨论】：

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标签： r vector cmd pca

【解决方案1】：

那里有很多免费的可用资源，并附有分步手册。例如vegan-vignettes、Roeland Kindt 的'Tree diversity analysis' 等等……

Borchard (Numerical ecology with R) 的书也很好。

这是一个开胃菜：

require(vegan)
data(dune)
data(dune.env)

str(dune)
str(dune.env)

# CMD
cmd <- cmdscale(vegdist(dune, method="bray"))
# Plot CMD
ordiplot(cmd)
# Fit environmental variables
fit_env <- envfit(ord=cmd, env=dune.env)

# plot environmental variables with p < 0.05
plot(fit_env, p.max = 0.05)

# add smooth surface for A1
ordisurf(cmd, dune.env$A1, add = TRUE)

【讨论】：

感谢您的回复。有谁知道我将如何设置 dune.env 文件。例如，我是否使用第一个为名称、第二个为 env 因子 1、第三个为 env 因子 2 的列等等...非常感谢！
是的，dune.env 是一个 data.frame，其中的变量位于列中。请注意，这些行必须与丰度数据中的行相对应。
嗨。感谢您的帮助，我能够做到。我只是有一个额外的问题。应按组绘制平均环境因素，还是应按样本绘制单个环境因素。我以为我听到有人说应该绘制平均值。谢谢！
如果你喜欢我的回答，可以标记为接受。
是的，我做到了。不知道我会怎么做。绘制的环境因子的平均值也是如此，或者它们是每个站点的单个值。