无法通过 Elki 使用预先计算的距离

Question

我正在尝试对 Elki 使用预先计算的距离，但由于某种原因无法使其正常工作。我已经阅读了这里的说明：http://elki.dbs.ifi.lmu.de/wiki/HowTo/PrecomputedDistances 和这个问题：ELKI - input distance matrix。

很遗憾，我仍然无法让 ELKI 正常工作。

这是我在 bash shell 中运行的命令：

java -jar  elki.jar -verbose  -dbc.filter FixedDBIDsFilter -dbc.startid 0 -dbc.in elki_dummy_ids -algorithm clustering.kmeans.KMeansLloyd -algorithm.distancefunction external.FileBasedDoubleDistanceFunction -distance.matrix elki_sample_dist_ut.txt -kmeans.k 3

这些是参数中文件的内容：

$cat elki_dummy_ids
0
1
2


$cat elki_sample_dist_ut.txt
0 0 0.0000
0 1 0.8876
0 2 0.8571
1 1 0.0
1 2 0.9059
2 2 0.0

我也尝试了下三角距离矩阵：

$cat elki_sample_dist_lt.txt
0 0 0.0000
1 0 0.8876
1 1 0.0
2 0 0.8571
2 1 0.9059
2 2 0.0

但也没有运气。 我不断收到此错误（已截断 - 如果您需要完整的错误消息，请告诉我）：

未处理以下参数： [external.FileBasedDoubleDistanceFunction，-distance.matrix， elki_sample_dist_ut.txt] 任务未完全配置：

参数 algorithm.distancefunction 的值错误。读： de.lmu.ifi.dbs.elki.distance.distancefunction.external.FileBasedDoubleDistanceFunction。 预期：距离函数确定数据库之间的距离 对象。实施 de.lmu.ifi.dbs.elki.distance.distancefunction.PrimitiveDistanceFunction 已知类（默认包 de.lmu.ifi.dbs.elki.distance.distancefunction):

我正在使用 OpenJDK 运行时环境 (IcedTea 2.4.7) (7u55-2.4.7-1ubuntu1) 和 Elki 0.6.0。

有人可以指出我在这里缺少什么吗？提前致谢！

Answer 1

k-means 不能与预先计算的距离一起使用。

因为它计算的是从点到 质心 的距离，这是您以前不知道的，因此无法预先计算。

另外，k-means 应该只用于数值数据，平方欧几里得距离。否则可能无法收敛。 均值最小化平方和偏差，并且不会最小化任意距离。

您可能正在寻找 PAM、k-medoids、DBSCAN、OPTICS、HAC……这些算法确实适用于其他距离，并且只需要成对距离。