caret-svm 中的错误 - “下标分配中不允许使用 NA”答案

【问题标题】：Error in caret-svm - "NAs are not allowed in subscripted assignments"caret-svm 中的错误 - “下标分配中不允许使用 NA”
【发布时间】：2017-05-26 13:04:30
【问题描述】：

专家。我是 R 的初学者。我正在尝试使用 caret-SVM 进行分类。内核是 svmPoly。首先，我使用默认参数通过留一法交叉验证来训练模型代码是：

ctrl <- trainControl(method = "LOOCV",
                     classProbs = T,
                     savePredictions = T,
                     repeats = 1)
modelFit <- train(group~.,data=table_svm,method="svmPoly",
                  preProc = c("center","scale"),
                  trControl = ctrl)

最佳准确率为 80%。模型使用的最终值是 degree = 1，scale = 0.1 和 C = 1。

其次，我尝试调整参数。代码是：

grid_svmpoly=expand.grid(degree=c(1:11),scale=seq(0,5,length.out=25),C=10^c(0:4)) 
modelFit_tune <- train(group~.,data=table_svm,method="svmPoly",
                  preProc = c("center","scale"),
                  tuneGrid=grid_svmpoly,
                  trControl = ctrl)

我收到一条错误消息：{ 中的错误：任务 264 失败 - “下标作业中不允许使用 NA”

我检查了数据，没有发现NA。

【问题讨论】：

标签： svm r-caret

【解决方案1】：

数据集中必须有一些 NA。我对此并不陌生，但专家不多。为确保内部没有 NA，首先使用以下方法将数据集转换为矩阵格式：

x <- data.matrix(dataframe)

然后使用 which() 函数在这种情况下非常方便：

which(is.na(x)==T)

我希望这将帮助您找到答案。这些值将按行顺序排列。

如果这能解决您的问题，请告诉我。

【讨论】：

谢谢，南迪。我使用您的代码查找 NA 并得到 "integer(0)" 。
我尝试使用具有相同参数的小数据集重现该问题，并且没有任何困难。我想你可能也想试试这个。因此，安装“mlbench”并且有一个数据集 Ionosphere。使用 Ionosphere 数据并运行上面的代码。它会起作用的。如果您对此有任何困难，请告诉我。
谢谢你，南迪。我仍然无法弄清楚这个问题的原因。但是，将tuneGrid=grid_svmpoly 替换为tuneLength=9 后，我没有收到任何错误。准确率提高到 85%。