【问题标题】:Generate Experimental design Data in R在 R 中生成实验设计数据
【发布时间】:2021-06-21 18:56:12
【问题描述】:

我有一个随机区组设计实验,我们想在其中测试 10 个处理(8 个基因型 + 2 个对照)。

结构如下:

9 个站点,每个站点内有 4 个区块(重复), 每个街区内,有10个地块, 在每个地块内,有 144 个人接受给定的治疗(基因型)。

我想生成如下数据集:

注意:每个区块内的地块随机分配处理。

Site <- LETTERS[1:6]
Block <- LETTERS[1:4] ## For each Site
Plot <- paste(rep("P",10),seq(1,10,1),sep="_") ## For each Block 
Trt <- c(LETTERS[1:8],rep("control",2)) ## 10 Treatments within each block
id <- seq(1,144,1) ## for each Plot
observation <- runif(n=144,min=1, max=4) ## repeated for each treatment, each block,and each site.

data.frame(Site,Block,Plot,Trt,id,observation)

知道这段代码会报错,我想拥有,对于同一个站点,所有区块级别,对于同一个区块,所有地块级别及其对应的处理,对于同一个地块,所有 id 标签及其相应的观察。

非常感谢

【问题讨论】:

  • 检查agricolae
  • 我做到了,谢谢!

标签: r dataframe dataset bioinformatics experimental-design


【解决方案1】:

我想你可能正在寻找expand.grid

Site <- LETTERS[1:6]
Block <- LETTERS[1:4] ## For each Site
Plot <- paste(rep("P",10),seq(1,10,1),sep="_") ## For each Block 
data <- expand.grid(Site = Site, Block = Block, Plot = Plot)
data$Trt <- sample(c(LETTERS[1:8],paste0("control",1:2)), nrow(data), replace = TRUE)
data

【讨论】:

  • 谢谢,我试过了,但我不确定治疗是否是随机分配的。
  • 不,以前它生成所有 SiteBlockPlotTrt 值的所有组合。我没有编辑答案以包含SiteBlockPlot 的所有组合,它随机分配Trt 值。
  • 现在,它更有意义了。非常感谢你@Ronak Shah。
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