【问题标题】：pROC R package with customized cutoff values?具有自定义截止值的 pROC R 包？
【发布时间】：2014-09-08 14:11:03
【问题描述】：

我可以使用一些预先指定的截止值（阈值）来绘制带有pROC 包的 ROC 曲线吗？例如，我可以输入控制/案例值和我自己的阈值点来计算相应的敏感性和特异性吗？

【问题讨论】：

从您在我的回答中留下的 cmets 来看，您所要求的似乎不是 ROC 曲线。 ROC 曲线超过所有阈值。如果您限制阈值，您的曲线就不再是 ROC。所以请改写你的问题。
另外，你为什么要这么做对我来说没有任何意义，可能是因为你的问题太具体了。如果您告诉我们更多关于您选择这样做的原因，可能会出现更好的答案。

【解决方案1】：

看看?plot.roc。

假设你有：

my.cutoff <- 0.6

那么你可以这样做：

library(pROC)
data(aSAH)
plot.roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b, print.thres = my.cutoff)

【讨论】：

非常感谢您的回复。但我想要一些与此不同的东西。我不知道 pROC 如何选择阈值来计算敏感性和特异性。但是，我想以自己指定的阈值计算它们。例如， roc(case=mycases, control=mycontrols, ...);在这里有没有办法指定我自己的阈值？
@Vish 我用的是 0.6，但你可以在 my.cutoff 中指定任何你想要的截止值，你也可以传递一个截止值向量。
@Vish 还有什么我可以帮忙的吗？
再次感谢您的关注。但是，我想使用自己的阈值来生成 ROC 曲线。例如，roc(case=mycases, control=mycontrols, Thresholds = c(0.6, 1, 1.5, 1.8)。然后该函数仅考虑那些指定的阈值来生成 ROC 曲线和 AUC。我想这对于 pROC 包是不可能的。是吗？非常感谢。
@Vish 您无法生成只有几个阈值的 ROC 曲线：它不再是 ROC。

【解决方案2】：

这不再是 ROC 曲线

要在我的其他答案中解决您的 cmets（但不回答您的问题，正如我上面评论的那样无法回答），我可以为您提供一种方法来做您想做的事情。请不要在任何情况下将此称为 ROC 曲线：它不是！请根据本练习的目的（您从未解释过）自己想出一个描述性名称。

你可以用pROC间接地做你想做的事：你计算所有阈值的ROC，提取你想要的坐标：然后使用梯形函数完成。

library(pROC)
data(aSAH)
my.cutoff <- c(0.6, 1, 1.5, 1.8)
roc.obj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
like.coordinates <- coords(roc.obj, c(-Inf, sort(my.cutoff), Inf), input="threshold", ret=c("specificity", "sensitivity"))

现在您可以将结果绘制为：

plot(like.coordinates$specificity, like.coordinates$sensitivity, xlim=c(1, 0), type="l")

并计算AUC，例如使用包caTools中的trapz函数：

library(caTools)
trapz(like.coordinates$specificity, like.coordinates$sensitivity)

再一次，您没有绘制 ROC 曲线，并且您计算的 AUC 不是 ROC 曲线的。

【讨论】：