R中的剪影图答案

【问题标题】：Silhouette plot in RR中的剪影图
【发布时间】：2016-03-04 03:00:50
【问题描述】：

我有一组数据，其中包含：项目、关联簇、轮廓系数。如有必要，我可以使用更多信息进一步扩充此数据集。

我想在 R 中生成轮廓图。我遇到了麻烦，因为我遇到的示例使用内置的 kmeans（或相关）聚类函数并绘制结果。我想绕过这一步并为我自己的聚类算法生成绘图，但我最终无法为绘图函数提供正确的参数。

谢谢。

编辑

数据集示例https://pastebin.mozilla.org/8853427

我尝试的是加载数据集并使用基于https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/silhouette.html 的各种参数将其传递给plot 函数

【问题讨论】：

请提供您的一些数据和您尝试过的代码
这里是创建reproducible example in R的方法。它使其他人更容易帮助您。

标签： r

【解决方案1】：

cluster 包中的函数 silhouette 可以为您绘制绘图。它只需要一个集群成员向量（由您选择的任何算法生成）和一个相异矩阵（最好使用与生成集群相同的矩阵）。例如：

library (cluster)
library (vegan)
data(varespec)
dis = vegdist(varespec)
res = pam(dis,3) # or whatever your choice of clustering algorithm is
sil = silhouette (res$clustering,dis) # or use your cluster vector
windows() # RStudio sometimes does not display silhouette plots correctly
plot(sil)

编辑：对于 k-means（使用平方欧几里得距离）

library (vegan)
library (cluster)
data(varespec)
dis = dist(varespec)^2
res = kmeans(varespec,3)
sil = silhouette (res$cluster, dis)
windows() 
plot(sil)

【讨论】：

您能详细介绍一下代码吗？ dis 将包含什么 res 将包含什么？
dis 将是类dist 的距离/相异矩阵。有关详细信息，请参阅?vegdist。 res 在这种情况下是 pam 的结果对象（围绕中心点进行分区）；在这个clustering 中是一个向量，其中包含每个样本已分配到的集群的标识。无论您使用什么算法，都需要从结果中提取集群成员向量。您希望使用哪种方法？
数据已经使用 Kmeans 进行了聚类。并计算出轮廓系数。一旦我有机会测试它并看到它有效，我会立即接受你的回答。