任何人都知道 Skimage TIfffile 保存中的内容，未知错误“类型 b”。？答案

【问题标题】：Anyone knows what is in Skimage TIfffile save, unknown error "type b".?任何人都知道 Skimage TIfffile 保存中的内容，未知错误“类型 b”。？
【发布时间】：2020-09-16 11:08:17
【问题描述】：

我在保存 tiff 文件（堆栈灰度）时遇到一个奇怪的错误，知道吗？：

文件 "C:\Users\ptyimg_np.MT00200169\Anaconda3\lib\site-packages\tifffile\tifffile.py", 第 1241 行，保存中 sampleformat = {'u': 1, 'i': 2, 'f': 3, 'c': 6}[datadtype.kind] KeyError: 'b'

我的代码是

 #!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
from skimage.morphology import watershed
from skimage.feature import peak_local_max
from scipy import ndimage
from skimage import img_as_float
from skimage import exposure,io 
from skimage import external 
from skimage.color import rgb2gray
from skimage.filters import threshold_local  , threshold_niblack
import numpy as np
import  tifffile 
from joblib import Parallel, delayed 
import sys

# Load an example image
input_namefile = sys.argv[1]
output_namefile = 'seg_'+ input_namefile  

#Settings 
block_size = 25 #Size block of the local thresholding 


img = io.imread(input_namefile, plugin='tifffile') 
thresh =  threshold_niblack(img, window_size=block_size , k=0.8) # 
res = img > thresh
res = np.asanyarray(res)
print("saving segmentation")
tifffile.imsave(output_namefile, res , photometric='minisblack' )

【问题讨论】：

失败的 tifffile 版本是什么？我无法使用最新版本 2020.5.25 重现此内容。
@cgohlke 是的，在最新版本中，dict 访问由if bilevel and not datadtype.kind == 'u': 保护，所以你不要点击它。

标签： save tiff scikit-image

【解决方案1】：

先分析一下。违规行：

sampleformat = {'u': 1, 'i': 2, 'f': 3, 'c': 6}[datadtype.kind]

导致KeyError 异常，因为datadtype.kind（NumPy 数据类型）的值设置为b，并且该字典中是没有b。它仅适用于i、u、f 和c 类型（分别为有符号整数、无符号整数、浮点数和复数浮点数）。类型 b 是布尔值。

这看起来像是您正在使用的代码中的一个错误。如果它是不受支持的，代码应该真正捕获异常并以更用户友好的方式报告它，而不是仅仅转储一个异常让您找出。

我的建议是向作者提出这个错误。

就问题的根本原因而言（这是基于分析的推测，因此可能是错误的，我只是将其作为可能原因提供），对您的代码的检查显示：

img = io.imread(input_namefile, plugin='tifffile') 
thresh =  threshold_niblack(img, window_size=block_size , k=0.8) # 
res = img > thresh
res = np.asanyarray(res)
tifffile.imsave(output_namefile, res , photometric='minisblack' )

上面的第三行会将res 设置为一个布尔值或一个布尔数组，该值取决于img 和thresh 中每个像素的各自值（我对NumPy 的了解还不够多，无法断言关于这个）。

不过，不管怎样，它们都是一个或多个 布尔值，因此，当您尝试使用 imsave() 调用编写它们时，它会抱怨正在使用的类型（如上所述，它似乎不能正确地满足布尔值）。

基于在其他地方找到的一些示例代码：

image = data.coins()
mask = image > 128
masked_image = image * mask

我怀疑你应该使用类似于最后一行的东西来应用蒙版到图像，然后写入结果值：

img = io.imread(input_namefile, plugin='tifffile') 
thresh =  threshold_niblack(img, window_size=block_size , k=0.8)

mask = image > 128  # <-- unsure if this is needed.
res = img * thresh  # <-- add this line.

res = np.asanyarray(res)
tifffile.imsave(output_namefile, res , photometric='minisblack' )

将蒙版应用于原始图像应该会为您提供一组可用值，您可以将其写回图像文件。请注意，我不确定您是否需要 res > thresh 行，因为在我看来阈值已经为您提供了掩码。我可能在这一点上是错误的，所以我的建议仍然是向作者提出。

【讨论】：

> 我可能是错的，但我怀疑 :-) 对不起，你是。 =P 不是全部，而是一些关键细节。 thresh 始终是一个阈值，可以是全局（一个浮点数）或本地（一个图像）。您总是需要使用img > threshold 应用阈值。布尔图像本身绝对有用，例如“前景物体的表面积”或“前景物体的大小分布”都是有用的度量。

【解决方案2】：

看起来错误是由在安装版本的tifffile中编写布尔图像中的错误引起的错误。但是，该错误已在更新的版本中修复（我当前环境中有2020.2.16）。在我的机器上，这工作正常：

import numpy as np
import tifffile

tifffile.imsave('test.tiff', np.random.random((10, 10)) > 0.5)

和在布尔映像的情况下，从不执行在您的版本中导致崩溃的线。

所以，长话短语短，使用python -m pip install -U tifffile升级您的TIFFFILE版本，您的程序应该工作！

【讨论】：