如何自定义包“randomForest”生成的重要性图

Question

重要性图：

我想将 y 轴文本向右对齐，并且还想根据不同的变量组为变量着色。例如 Limonene 和 Valencane，a-Selinene 和 g-Selinen 分别属于同一组。

但我在 "randomForest" 包中找不到任何用于自定义绘图的代码。您对定制有什么建议吗？谢谢！

Answer 1

下面是一个工作示例：

您需要创建所需的分组，然后使用ggplot 和geom_bar。

set.seed(4543)
data(mtcars)

library(randomForest)
mtcars.rf <- randomForest(mpg ~ ., data=mtcars, ntree=1000, keep.forest=FALSE,
                          importance=TRUE)
imp <- varImpPlot(mtcars.rf) # let's save the varImp object

# this part just creates the data.frame for the plot part
library(dplyr)
imp <- as.data.frame(imp)
imp$varnames <- rownames(imp) # row names to column
rownames(imp) <- NULL  
imp$var_categ <- rep(1:2, 5) # random var category

# this is the plot part, be sure to use reorder with the correct measure name
library(ggplot2) 
ggplot(imp, aes(x=reorder(varnames, IncNodePurity), weight=IncNodePurity, fill=as.factor(var_categ))) + 
  geom_bar() +
  scale_fill_discrete(name="Variable Group") +
  ylab("IncNodePurity") +
  xlab("Variable Name")

您可以对其他重要性度量执行相同的操作，只需相应地更改绘图部分 (weight = %IncMSE)。

根据 OP 答案更新：

ggplot(imp, aes(x=reorder(varnames, IncNodePurity), y=IncNodePurity, color=as.factor(var_categ))) + 
  geom_point() +
  geom_segment(aes(x=varnames,xend=varnames,y=0,yend=IncNodePurity)) +
  scale_color_discrete(name="Variable Group") +
  ylab("IncNodePurity") +
  xlab("Variable Name") +
  coord_flip()