与 Linux 中的 Foreach 和 doMC 包并行 - mclapply 出错答案

【问题标题】：Parallel with Foreach and doMC packages in Linux- Error with mclapply与 Linux 中的 Foreach 和 doMC 包并行 - mclapply 出错
【发布时间】：2014-03-24 20:51:02
【问题描述】：

我想在 Linux 中运行并行计算。在我设法在 Windows 中这样做之后，我需要在 Linux 中运行以下功能。我将包 doSnow 更改为 doMC，它假设可以在 Linux 中工作，但我收到与 mclapply 相关的错误。

代码：

foreachFunc = function(Data) {

  RowFunction<-function(d)
  {
    (chisq.test(d)$p.value)}

  P<-as.matrix(apply(Data,1,RowFunction))

  return(P)}

library(doMC)
library(foreach)

number_of_cpus=4
cl<-makeCluster(number_of_cpus) 
registerDoMC(cl)


Chunks<-c(1:NROW(Data_new))%%4

P<-foreach(i=0:3, .combine=rbind, mc.cores=4) %dopar%  {
  foreachFunc(Data_new[Chunks==i, ])}
stopCluster(cl)

错误：

Error in mclapply(argsList, FUN, mc.preschedule = preschedule, mc.set.seed = set.seed,  : 
  (list) object cannot be coerced to type 'integer'

【问题讨论】：

标签： linux r foreach parallels

【解决方案1】：

阅读vignette("gettingstartedMC")。我可以像这样重现您的错误：

number_of_cpus=4
cl<-makeCluster(number_of_cpus) 
registerDoMC(cl)
P<-foreach(i=0:3) %dopar%  i
#Error in mclapply(argsList, FUN, mc.preschedule = preschedule, mc.set.seed = set.seed,  : 
#  (list) object cannot be coerced to type 'integer'
stopCluster(cl)

这按预期工作：

registerDoMC(cores=4)
P<-foreach(i=0:3) %dopar%  i

解释：registerDoMC 的第一个参数需要一个整数值。你给了它一个列表，即makeCluster的返回对象。

【讨论】：