使用 matfile() 将数据附加到保存的变量答案

【问题标题】：Append data to a saved variable using matfile()使用 matfile() 将数据附加到保存的变量
【发布时间】：2018-03-07 07:44:37
【问题描述】：

我有一些随机的 2D 数据 fuffa 保存到文件 fuffalo：

fuffa=rand(10,10);
save('fuffalo','fuffa', '-v7.3')

然后，我会执行一个循环，该循环生成我想要（在第三维中）附加到已保存变量的其他 fuffa 数据。为此，我尝试应用this 建议：

m1 = matfile('fuffalo.mat', 'Writable', true);

for ii=1:3
   fuffa2=rand(10,10);    
   m1.fuffa(1:10,1:10,end+1)=fuffa2;
end

但是，在ii=2 我收到以下错误：

变量 'fuffa' 在文件中有 2 个维度，这与索引下标中的 3 个维度不匹配。

如何说服 MATLAB 在第三维中追加？

【问题讨论】：

你能在第一维追加吗？ fuffa = rand(1,10,10)
是的，我猜。你知道为什么会这样吗？
因为 matlab 会在前两个之后自动删除尾随单例维度。
不是（仅）在ii=2，您也应该收到ii=1 的错误
前两个维度。不是条目。所以 [20 x 1] 向量保持 [20 x 1] 向量。但是 [20 x 20 x 1] 矩阵变成了 [20 x 20] 矩阵。第三个，单例，维度被删除。这是 matlab 的怪癖之一。

标签： matlab append mat-file

【解决方案1】：

因为您访问的是磁盘上的文件，而不是工作区变量，所以您可能会遇到扩展维数的问题。在处理存储在内存中的变量时，您不会遇到此问题（例如，如果您使用 load 而不是 matfile）。

为避免这种情况，最好的方法是pre-allocation。我将假设这是对您的实际问题的简化，并且您需要能够对潜在的 2D 数组进行此类 3D 扩展。

在这种情况下，只需使用cat 在第三维连接：

fuffa=rand(10,10);
save('fuffalo','fuffa', '-v7.3')
m1 = matfile('fuffalo.mat', 'Writable', true);
for ii=1:3
    fuffa2=rand(10,10);
    % Concatenating in the 3rd dimension, avoiding used 'end' which 
    % assumes that dimension already exists
    m1.fuffa=cat(3,m1.fuffa,fuffa2);
end
% m1.fuffa <10x10x4 double>

请注意，通过这样做，您会将整个 .mat 数据放入内存中以进行连接，从而违背了matfile() 的观点。但是，您之前的方法将面临同样的问题，因为在 docs 我们看到：

使用 end 关键字作为索引的一部分会导致 MATLAB 将整个变量加载到内存中。

如前所述，使用预分配可能会更好！

【讨论】：

该文件是一个 HDF5 容器。其中的数据具有固定的维度，但您也可以先存储一个 3D 矩阵 10x10x2 并覆盖第二个 fuffa。然后在容器中将其指定为 3D，您应该能够附加到它。
matfile() 函数允许用户直接从磁盘上的文件而不是内存中访问数据。再次，“工作区”可能是我错误的选择。有关更多信息，请参阅docs，但基本上这比使用load 处理大型数据集要快，因为数据永远不会完全加载到内存中。所以MAT-file 对象在工作区中，但这不包含数据，只是引用它。