【问题标题】：How can I change the t-sne distance in R?如何更改 R 中的 t-sne 距离？
【发布时间】：2019-04-17 14:21:51
【问题描述】：

我尝试在R 中使用T-sne。我想使用 dtw 而不是欧几里得距离。如何更改 R 中的规范？

对精选数据执行算法

library(Rtsne)

tsne <- Rtsne(train[,-1], dims = 2, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500)
tSNE
exeTimeTsne<- system.time(Rtsne(train[,-1], dims = 2, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500))

【问题讨论】：

我不知道什么是动态时间扭曲，但如果它创建一个距离矩阵，您可以提供它而不是计算欧几里得距离。请参阅?Rtsne 寻求帮助。
你的意思是我必须先制作一个 dtw 距离矩阵。数据 X 的类别变成了一个 dist。然后在 Rtsne 中更改“is_distance=true”。对吗？
@Anonymouscoward：你能把它变成给定距离度量的答案吗，比如bray-curtis 或manhattan？谢谢！
我可以发布一个答案，但请记住我不熟悉Rtsne，所以我只是插入一个矩阵。

标签： r machine-learning artificial-intelligence dtw

【解决方案1】：

您可以使用您选择的方法将任何距离矩阵提供给Rtsne，并将is_distance 标志设置为TRUE。有关详细信息，请参阅?Rtsne 的提供预先计算的距离部分。

library(Rtsne)
library(vegan)

df = data.frame(A = c(4, 11, 17, 0, 2, 4, 8, 10, 2, 4),
                B = c(6, 10, 7, 2, 21, 3, 3, 0, 2, 17),
                C = c(5, 2, 3, 12, 12, 14, 0, 7, 8, 2),
                D = c(7, 16, 24, 18, 31, 8, 2, 21, 3, 13))


bc <- vegdist(df, method = "bray")
tSNE <- Rtsne(bc, is_distance = TRUE, dims = 2, perplexity = 2, verbose = TRUE, max_iter = 500)

【讨论】：

完美，非常感谢。我会记住，我仍然必须以有意义的方式应用它;-)