cluster::daisy 丢弃标签答案

【问题标题】：cluster::daisy drops labelscluster::daisy 丢弃标签
【发布时间】：2020-10-23 00:54:47
【问题描述】：

我正在尝试使用 cluster::daisy 函数和相异矩阵对数据进行聚类。数据如下图所示。

> head(score_mat_unique_3)
         ID_1       ID_2    Score
1: 1000035849 1000532512 2.49e-60
2: 1000035849 1000682765 3.87e-08
3: 1000086994 1000658924 8.90e-18
4: 1000234640 1000535109 1.20e-87
5: 1000235015 1000754236 6.29e-34
6: 1000258002 1000598768 8.34e-36

分数显示了对象的不同程度（值越大，对象越多。），所以我使用了相异矩阵和菊花函数。

diss3 <- daisy(score_mat_unique_3, metric = "gower")

但是当我尝试绘制 hclust 时，会打印一些数字而不是 ID。

fit3 <- hclust(diss3, method = "ward.D2")
plot(fit3)

因此，关于簇中对象的信息丢失了。如何返回有关初始 ID 的信息并了解集群中的哪些 ID？

【问题讨论】：

标签： r cluster-analysis hierarchical-clustering r-daisy

【解决方案1】：

您只需将labels 参数用于plot。由于您不提供数据，我将使用内置的虹膜数据进行说明。

DAT = iris[sample(26),1:4]
fit3 = hclust(dist(DAT))

plot(fit3, labels=LETTERS)

你的情况，试试plot(fit3, labels=score_mat_unique_3$ID_1)

【讨论】：

谢谢！它适用于情节。但是如何在变量（或文件）中写入每个集群中的 ID？我使用groups <- cutree(fit3, k=6) groups_rected <- rect.hclust(fit3, k=6, border="red") 并尝试查看groups_rected，但这里又写了数字而不是ID，如图所示。