如何在集群解决方案中为单个集群生成序列频率图答案

【问题标题】：How to produce a sequence frequency plot for one single cluster within a cluster solution如何在集群解决方案中为单个集群生成序列频率图
【发布时间】：2014-07-23 18:20:58
【问题描述】：

我找不到我的问题的充分答案，也许有人可以在这里提供帮助？（我是 R 的初学者）

我做序列分析，状态空间是n = 10，时间空间是t = 168（月）。我为具有 8 个集群的集群解决方案绘制了序列频率图。然而，这个情节并没有真正开放解释，因为单个情节太固定或太小。（见下图）

到目前为止，我执行了以下程序（非常接近 TraMineR-Help-document 中的说明）：

dist.om1 <- seqdist(neu.seq, method = "OM", indel = 1, sm = submat)
clusterward1 <- agnes(dist.om1, diss = TRUE, method = "ward")
cluster8 <- cutree(clusterward1, k = 8)
cluster8 <- factor(cluster8, labels = c("Typ 1", "Typ 2", "Typ 3", "Typ 4", "Typ 5", "Typ 6", "Typ 7", "Typ 8"))
seqfplot(neu.seq, group = cluster8, pbarw = T, withlegend = T)

我尝试重新配置边距，但结果始终是相同的图（附加图是使用默认设置完成的）。所以我想，相反，也许我可以在我的 8 集群解决方案中为单个集群绘制序列频率图。（在Stata代码中，我会为单个序列索引图sqindexplot if cluster8 == 4写一些东西）但是，我不知道这是如何在 R 中完成的。如果有人知道如何获得更漂亮的序列频率图，我将不胜感激！谢谢！奥利弗

【问题讨论】：

标签： r plot cluster-analysis traminer

【解决方案1】：

对于 8 个组，您可能需要使用 cex.plot 参数来减小坐标区标签的字体大小。例如：

seqfplot(neu.seq, group = cluster8, withlegend = T, cex.plot=.5)

您还可以使用 border=NA 参数获得更好看的图，该参数抑制代表每个序列模式的条形周围的黑色边框。

或者，如果您使用pdf、png 或jpeg 等图形设备来创建绘图文件，请尝试使用函数的参数width 和height。 height 值越大，文本看起来越小。

要仅获取集群 4，请使用

seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 4",], withlegend = T)

（另见How to identify sequences within each cluster?）

如果您想自己使用 par(mfrow=c(.,.)) 组合图例，您必须禁用自动图例，并使用 seqlegend 手动插入图例，例如

par(mfrow=c(2,2))
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 4",], withlegend = F)
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 5",], withlegend = F)
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 6",], withlegend = F)
seqlegend(neu.seq)
dev.off()

希望这会有所帮助。

【讨论】：