在 R heatmap.2 中移动颜色键（gplots 包的功能）

Question

我现在阅读了 heatmap.2 帮助手册几次，并且在各种在线教程中我也没有阅读到关于将颜色键移动到不同位置的方法。 现在，我想知道这是否可能？

如果你使用 gplots 包中的 heatmap.2 函数，颜色键默认在左上角。

Answer 1

heatmap.2 图中每个元素的位置可以使用lmat、lhei 和lwid 参数进行控制。这些由heatmap.2 传递给layout 命令：

layout(mat = lmat, widths = lwid, heights = lhei)

lmat 是一个矩阵，描述了屏幕是如何被分解的。默认情况下，heatmap.2 将屏幕划分为一个四元素网格，因此lmat 是一个 2x2 矩阵。矩阵的每个元素中的数字描述了绘制接下来四个图的顺序。Heatmap.2 按以下顺序绘制其元素：

1. 热图，
2. 行树状图，
3. 列树状图，
4. 钥匙

所以默认的lmat 是：

> rbind(4:3,2:1)
     [,1] [,2]
[1,]    4    3
[2,]    2    1

例如，如果您想将键放在您指定的热图下方：

> lmat = rbind(c(0,3),c(2,1),c(0,4))
> lmat
     [,1] [,2]
[1,]    0    3
[2,]    2    1
[3,]    0    4

lwid 和lhei 是指定每行和每列的高度和宽度的向量。两者的默认值为c(1.5,4)。如果您更改lmat，您将不得不或可能想要更改这些。对于上面的例子，如果我们想保持所有其他元素的大小相同，但希望底部有一个细的颜色键，我们可以设置

>lwid = c(1.5,4)
>lhei = c(1.5,4,1)

然后我们准备绘制热图：

>heatmap.2(x,...,lmat = lmat, lwid = lwid, lhei = lhei)

这将绘制一个热图，其中列树状图位于热图上方，行树状图位于左侧，键位于下方。不幸的是，密钥的标题和标签是硬编码的。

有关layout 工作原理的更多详细信息，请参阅?layout。

Answer 2

在heatmap.2 的相当长的代码中，par 调用定义了指定的区域，我没有看到它的原始作者或围绕这些部分的任何“修订者”，尽管他们有时会访问 R-help。主要绘图尺寸由 2 元素向量 margins 设置。以下是您可能需要进行更改的一些地方：

#1) 
if (!missing(RowSideColors)) {
    par(mar = c(margins[1], 0, 0, 0.5))
    image(rbind(1:nr), col = RowSideColors[rowInd], axes = FALSE)

#2)
if (!missing(ColSideColors)) {
    par(mar = c(0.5, 0, 0, margins[2]))
    image(cbind(1:nc), col = ColSideColors[colInd], axes = FALSE)

#3)
par(mar = c(margins[1], 0, 0, margins[2]))

#4)
par(mar = c(margins[1], 0, 0, 0))

#5)
par(mar = c(0, 0, if (!is.null(main)) 5 else 0, margins[2]))

#6
if (key) {
    par(mar = c(5, 4, 2, 1), cex = 0.75)