对计数值进行聚类答案

【问题标题】：clustering the count values对计数值进行聚类
【发布时间】：2012-08-23 03:32:15
【问题描述】：

我有一个表，其中包含每个组内每个变量的计数。

Age var1 var2 var3 var4
10  0    200  0    100 
20  180  500  200  300
30  0    80   0    60
40  150  10   90   20

我正在尝试使用 R 创建热图。在热图的结果中，列的顺序与它们在数据中的顺序相同。

我需要对这些列进行排列/聚类，以使具有相似值的变量聚集在一起（以提供聚类外观）。

在上面的示例中，查看计数（值），var1 与 var3 更相似，而 var2 与 var4 更相似。

这是生成相同的代码：

tmp = rbind(c(0,200,0,100),
rbind(c(180,  500,  200,  300),
rbind(c (0,    80,   0,    60), 
c(150,  10,   90,   20)
)))
rownames(tmp) = c('age10', 'age20', 'age30', 'age40')
colnames(tmp) = c('var1', 'var2', 'var3', 'var4')
tmp
heatmap(tmp, Rowv=NA, Colv=NA, 
        col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

【问题讨论】：

如果您创建了一个reproducible example 来展示您的问题/问题，我们会发现它更容易回答。
你是对的@joran 我的坏会删除我的评论，因为我不知道那是什么。

标签： r cluster-analysis heatmap

【解决方案1】：

只需删除Rowv=NA 和Colv=NA 参数，热图就会按值聚类：

heatmap(tmp, col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

【讨论】：