从链接矩阵中检索聚类中心/质心答案

【问题标题】：Retrieve cluster centers / centroids from linkage matrix从链接矩阵中检索聚类中心/质心
【发布时间】：2017-11-01 02:11:57
【问题描述】：

在 scipy 的层次聚类中，可以从链接矩阵 Z 开始构建聚类。例如，

fcluster(Z, 6,criterion='maxclust' )

将切割树状图，以便最终有 6 个簇。有没有办法获得每个集群的中心坐标？中心的位置将根据用于构建树状图的度量和方法而有所不同，但我想获得与用于构建 Z 的特定方法相对应的中心。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

层次聚类不使用中心。

中心甚至可能在集群之外。

因此，如果您需要计算中心，您只需自己致电 mean 即可。

【讨论】：

我知道本身没有中心。我正在寻找的是某种保留原始集群的重整化。例如，假设我有 6 个集群。我想为每个中心定义一个中心，用它们各自的中心替换每个集群，并在对这些新中心进行聚类时保留上层层次结构。一个简单的方法不会那样做。
这在原始度量/维度中可能是不可能的。但是您可以在所需高度使用聚类算法的当前距离矩阵。
是pdist 这样做的吗？
不，pdist 在原始域中工作。我不知道您是否可以访问该矩阵，您可能需要修改 scipy 源代码。它不常用。你宁愿使用共生距离。