【问题标题】:Running OPTICS algorithm on ELKI在 ELKI 上运行 OPTICS 算法
【发布时间】:2013-04-16 07:42:46
【问题描述】:

我通常是 R 用户(刚开始使用 R 用户,但我开始掌握它的窍门)。然而,我听到了关于 ELKI 的积极消息——尤其是它的速度。我遇到了这个旧帖子"How to group nearby latitude and longitude locations stored in SQL",Anony-Mousse 发布的答案与我想做的类似。我希望能够将他所做的每一步复制到他在 Google Drive 上共享的 KML 文件中。

我已经下载了 ELKI 并且能够运行 mini-GUI,如下所示:

有人可以发布一些关于如何做 Anony-Mousse 能够做到的步骤吗?

我的数据本质上非常相似。我在 csv 文件中有地理编码地址(更具体地说,每个元组都是一个事件,变量/特征/列之一是事件的地理编码地址),我希望在上面的链接中找到类似于 OP 的集群.

希望 Anony-Mousse 会阅读这篇文章并进行救援。但是,如果其他人可以帮助我上路,我将不胜感激。

【问题讨论】:

  • 另外,我很想知道可视化(即地图上显示的红色集群)是由 ELKI 生成的,还是 Anony-Mousse 使用了其他工具?如果是后者,他用什么工具来绘制集群?
  • 好吧,除了显示 UI 的空白屏幕截图之外,您至少应该付出一些努力。至少尝试配置一个算法和输入源。
  • 通过计算集群的凸包,然后将其写入 Google 地球的 KML 文件来进行简单的后处理。我不记得我是在 ELKI 的自定义 ResultHandler 中做到的,还是我只是将生成的集群读入文件并使用 python。应该是第一个吧。我最近开始发现这更容易了。
  • 嗨 Anony-Mousse! ELKI online 的文档很少,所以基本上我尝试将 dbc.in 设置为我的文件,将算法设置为 clustering.OpticsXi(并从 GUI 设置必要的参数),然后出现错误(“Invalid quoted line in输入)。我有一个 CSV 文件,每个元组都有一堆列(只有一列是地理编码地址)。当你回答上一个问题时,文件是什么格式的?你只是有地理编码地址或其他信息吗?文件呢?
  • @Anony-Mousse,csv文件中只有两列应该是纬度和经度吗?另外,geo.LatLngDistanceFunction 和 geo.LngLatDistanceFunction 参数有什么区别?任何让我启动并运行这些空间数据的指针将不胜感激。

标签: cluster-analysis elki optics-algorithm


【解决方案1】:

很抱歉没有早点跟进。

我没有保留您所引用的实验代码。所以我不记得我是否使用 python 脚本将输出重写为 KML(我相信我这样做了),或者我是否只是从 ELKI 源复制并粘贴到自定义 ResultHandler 以生成文件。 可能是第一个,因为在 Java 中编写 XML 比在 Python 中打印文档要复杂一些(虽然也更有可能是正确的 XML)。如果是这样,我可能使用 scipy.spatial 包来计算凸包,读取 ELKI 文本输出相当简单(只需跳过注释行,并将另一个的两个数字列作为坐标)

【讨论】:

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