在 R 中使用 pvclust 进行聚类分析答案

【问题标题】：Cluster Analysis using pvclust in R在 R 中使用 pvclust 进行聚类分析
【发布时间】：2011-09-12 20:24:26
【问题描述】：

我想对某些列（变量）进行聚类分析，比如 var 5-var10。为此，我在 R 中使用了pvclust。现在，我想将此集群列添加到实际数据框中。谁能帮我解决这个问题。我使用的代码如下：

group <- sqldf("select cq14x1_1,cq14x1_2,cq14x1_3,cq14x1_4,cq14x1_5,cq14x1_6,cq14x1_7, from parma_1")
fit_1 <- pvclust(group,method.hclust="ward",method.dist="euclidean")
group_2 <- (fit_1,alpha=.90)

【问题讨论】：

读取pvclust 包pvclust 的帮助文件，在我看来pvclust 会计算聚类的p 值。底层聚类实际上是使用hclust 完成的。有关如何进行层次聚类分析的帮助，请参阅 ?hclust 及其示例。
-1 用于将 sqldf 用于可以使用基础 R 轻松快速地制作的东西；-)
我使用 sqldf 因为我更习惯使用 sql 查询。我不知道你怎么能对某些人的偏好进行负面标记？

标签： r cluster-analysis pvclust

【解决方案1】：

pvclust 函数的输出是一个包含hclust 元素的对象（查看Value 部分）。 hclust 基本上是集群的树表示（描述为here），并且可以进一步馈送到产生组成员身份的cutree 函数中。查看cutree 的文档page。您需要这 3 个函数来生成原始数据的实际集群成员资格，然后可以按照@nico 的建议轻松将其添加到您的数据框中。

【讨论】：

很高兴为您提供帮助。如果这能解决您的问题和/或引发新问题，请告诉我们。

【解决方案2】：

如果问题是向数据框中添加列，只需使用：

yourdataframe <- cbind(yourdataframe, newcolumn)

如果这不是您的问题，请尝试澄清问题。

【讨论】：

实际上我想将定义新集群的列添加到主数据集中。我正在使用 cbind 选项。但不幸的是，这是一个错误。 newdataset = cbind(group, group_2) data.frame(..., check.names = FALSE) 中的错误：参数暗示不同的行数：199, 0
@user697363: 嗯......你没有给group2分配任何东西你在代码中放了一些括号但你没有调用任何函数......所以它的长度为0，你不能cbind它到数据框。
你能告诉我如何解决这个问题。我想在当前数据集中添加一个新列，其中新列包含来自 pvclust 的集群。我可以使用 hclust 做到这一点。但正如我上面提到的，我想使用 pvclust 而不是 hclust。
罪魁祸首是group_2 <- (fit_1,alpha=.90)...我不确定那应该怎么做...我从未使用过pvclust，但也许您想查看str(fit_1) 的结果。我假设fit_1 将包含有关集群的信息。