`rsq` 包中的二项式 glm：错误：找不到对象

Question

似乎每当我在使用两列符号的二项式 glm 上使用任何 rsq 包函数（pcor 用于偏相关；rsq 和 rsq.partial 用于 R 平方）时，我得到一个错误 - 见下文。该模型实际上是正确的，拟合完美，没有数据丢失。

有什么我可以做的吗？

可重现的例子：

require(rsq)
data(esoph)
model1 <- glm(cbind(ncases, ncontrols) ~ agegp + tobgp * alcgp,
              data = esoph, family = binomial)

pcor(model1)

cbind(ncases, ncontrols) 中的错误：找不到对象“ncases”

rsq(model1)

cbind(ncases, ncontrols) 中的错误：找不到对象“ncases”

rsq.partial(model1)

cbind(ncases, ncontrols) 中的错误：找不到对象“ncases”

Answer 1

您必须在应用模型之前使用attach(esoph)。喜欢

data(esoph)


model1 <- glm(cbind(ncases, ncontrols) ~ agegp + tobgp * alcgp,
              data = esoph, family = binomial)

attach(esoph)
pcor(model1)
# $adjustment
#[1] FALSE
#$variable
#[1] "agegp"       "tobgp"       "alcgp"       "tobgp:alcgp"
#$partial.cor
#[1] 0.8092124 0.0000000 0.0000000 0.3815876

#Warning message:
#In (nLevels > 1) & (varcls == "factor") :
#longer object length is not a multiple of shorter object length

rsq(model1)
# [1] 0.826124

rsq.partial(model1)
#$adjustment
#[1] FALSE
#$variable
#[1] "agegp"       "tobgp"       "alcgp"       "tobgp:alcgp"
#$partial.rsq
#[1]  6.548247e-01 -6.661338e-16  0.000000e+00  1.456091e-01

detach(esoph)

Answer 2

cbinding 预先工作。

esoph$ncases.ncontrols <- with(esoph, cbind(ncases, ncontrols))
glm(ncases.ncontrols ~ agegp + tobgp * alcgp, data=esoph, family=binomial)

在pcor() 中出现警告。