【发布时间】：2016-04-04 05:02:31
【问题描述】：
我进行了富集测试，根据双尾 Fisher 精确检验，在一组样本中发现基因突变率不同。
所以最后我有一个 pvalues 的矩阵 5x10。
我想知道如何纠正它们以进行多次测试。我应该按基因还是按簇更正？
【问题讨论】：
标签： p-value
【发布时间】：2016-04-04 05:02:31
【问题描述】：
如果您的 SNP 数据使得您的所有集群都具有或多或少相同的 p 值，那么我的理解是您应该从每个集群中选择一个随机 p 值，然后在您从多个测试中进行更正时使用它们，然后使用该 p 值校正值校正整个集群，如果集群内存在很大差异，我认为您应该通过基因进行校正。
【讨论】：
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非常感谢您的回答。事实上，集群中的 pvalue 确实不同，所以我应该通过基因进行纠正。你能分享一下你的直觉吗？
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我的基本直觉：1）如果你有 50 个测试并且你使用了所有 50 个测试，你应该纠正 50 个测试，2）如果你只对组感兴趣，你应该将组内的所有内容聚合到1 次测试（即平均 p 值、anova 或更智能的东西）。如果你想说同一个簇中的基因 a 和 b 都很重要，那么显然你必须对 a 和 b 都进行校正，即如果你有可能进行 50 次阳性测试，那么你显然应该纠正 50 次测试...