R，如何从字符串列表创建二元关系矩阵？

Question

我有一个包含特定基因的文件列表，我想在 R 中创建一个二元关系矩阵，显示每个文件中每个基因的存在。

例如，这里是我的文件 aaa、bbb、ccc 和 ddd 以及与它们相关的基因。

aaa=c("HERC1")
bbb=c("MYO9A", "PKHD1L1", "PQLC2", "SLC7A2")
ccc=c("HERC1")
ddd=c("MACC1","PKHD1L1")

我想知道我可以在 R 中使用哪个命令来生成如下图所示的二元关系表：

其中值 1 表示关联，值 0 表示非关联。

如何在 R 中执行此操作？

我尝试使用table(aaa,bbb,ccc,ddd)，但它不起作用。 R 说：

表中的错误（aaa，bbb，ccc，ddd）：所有参数都必须有 一样长

编辑：感谢@akrun 的有用回复！我会利用这个问题为另一个问题寻求帮助，我相信你们可以很快处理。对于我分析的第二部分，我需要生成另一个表，其中对于每对基因，如果它们都存在于特定文件中，我将其赋值为 1，否则为 0。按照我之前给出的示例，这个新表应该如下所示（为了澄清，我将其转置）：

从你们已经提供给我的命令开始，有人知道在 R 中获取这个新的 bigenic 表的快速方法吗？谢谢！

Answer 1

是一个选项是在一个名为list（mget）中的对象标识符的值，stack 987654323 @它到两个列数据。框架和获取频率table

table(stack( mget(strrep(letters[1:4], 3)))[2:1])
#   values
#ind   HERC1 MACC1 MYO9A PKHD1L1 PQLC2 SLC7A2
#  aaa     1     0     0       0     0      0
#  bbb     0     0     1       1     1      1
#  ccc     1     0     0       0     0      0
#  ddd     0     1     0       1     0      0

---

或tidyverse

的选项

library(tidyverse)
lst(aaa, bbb, ccc, ddd) %>% 
  enframe %>% 
  unnest %>% 
  count(name, value) %>% 
  spread(value, n, fill = 0)
# A tibble: 4 x 7
#  name  HERC1 MACC1 MYO9A PKHD1L1 PQLC2 SLC7A2
#  <chr> <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl> <dbl>  <dbl>
#1 aaa       1     0     0       0     0      0
#2 bbb       0     0     1       1     1      1
#3 ccc       1     0     0       0     0      0
#4 ddd       0     1     0       1     0      0

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在op的代码

中

table(aaa,bbb,ccc,ddd)

length 987654330 @ s需要在table上班。另外，如果我们使用超过2个向量，频率表将是多维（> 2D）。因此，我们需要一个框架来拥有table应用于两列而不是多个对象